BIOgarabatos

Una estrategia importante en la recuperación de información consiste en generar consultas o también denominados filtros, conformadas por términos y operadores para obtener información precisa. Diseñar consultas implica hacer pruebas en las bases de datos y buscadores para determinar que términos son más exactos,  cómo combinarlos, en qué campos el adecuado buscarlos y cuál es  la mejor manera de guardar y reportar las consultas en la investigación digital. La meta es construir la mejor consulta que sea exhaustiva, precisa, exacta y completa. Abajo les comparto las que utilizo comúnmente para el proyecto biocolores como ejemplos.  En el proceso de recuperación de literatura especializada en biología del color en bases de datos bibliográficas, el elemento más importante son los términos y las consultas. Términos clave para biología del color Color (colour) Color pattern Color morpho Structural coloration Irisdencence Pigment Chromatophores Melanocites Aposematism Mimetism C...

 La ciencia es genial, es una profesión divertida, apasionante y libre, siempre y cuando libres algunos de sus obstáculos más comunes, veamos algunos Hay muchos cotos de poder La competencia es extrema Buena parte del tiempo haces trámites administrativos El ritmo y la exigencia de la investigación científica no son buenos para la salud mental Lo más importante es publicar Hay poco apoyo y recursos en nuestra región para la ciencia Hay muchas actitudes tóxicas en la academia de prepotencia, abuso y malas prácticas Fuente de la imagen:  https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Czech_Republic_-_landscape_near_Kory%C4%8Dany.jpg

Les comparto mis notas sobre el Taller: Laboratorio Creativo  del 4to encuentro Wikieducación 2023 en el que participamos 19 Wikipedistas el sábado 17 de junio del 2020. Lo que SÍ nos gusta Wikipedia es divertido, interesante y enriquecedor Comúnmente encuentras ideas que nunca se me hubieran ocurrido. Siempre hay alguien que piensa distinto. Convivimos muchas generaciones, culturas, visiones del mundo y estilos de pensamiento Hay de todo Te resuelve dudas Empiezas con una pregunta y terminas aprendiendo de otra cosa totalmente distinta. Reúne personas curiosas, interesadas en nuestro mundo y que intentan mejorarlo. Promueve la colaboración, el respecto, la tolerancia y la equidad. Se promueve que sea un espacio seguro (En teoría). Utiliza tecnología muy innovadora. Hay usuarios muy interesantes que son grandes editores muy comprometidos y que juntos conforman una comunidad activa y propositiva Tiene un impacto social Cualquiera puede participar, las más comunes son leer, crear, e...

La metaciencia hace referencia a todos aquellos temas interesantes al rededor de la ciencia, también es conocida como "ciencia sobre la ciencia," es un campo de investigación que se dedica a estudiar y analizar el proceso científico en sí mismo para abordar algunos problemas de la ciencia como los siguientes: Identificar malas prácticas en la academia y fomentar las buenas prácticas entre los investigadores Evaluación de la Metodología: La metaciencia se enfoca en evaluar la calidad de los métodos utilizados en la investigación científica, incluyendo el diseño experimental, el análisis estadístico y la interpretación de resultados. Reproducibilidad y Generalización: Busca determinar la replicabilidad de los hallazgos científicos y la generalización de los resultados a través de estudios independientes y de meta-análisis. Contribuye a identificar los factores que obstaculizan la replicación de resultados, lo que a su vez fortalece la confiabilidad de la ciencia. Detección de S...

Es muy común que los investigadores participemos en eventos académicos como seminarios, conferencias, reuniones, congresos, talleres en los que generalmente hacemos damos una plática y usamos una presentación en formato digital. En este caso es deseable generar materiales para distribuirlos tanto a los organizadores como a los participantes para que cuenten con los materiales y puedan consultarlos durante la exposición e incluso tenerlos a disposición posteriormente. Es recomendable generar un archivo con la presentación en PDF disponible electrónicamente a partir de una URL, puede ser la presentación o puede ser su publicación la Red social como Facebook, Twitter o Mastodon o incluso puede ser una entrada de un blog o micro blog, esto facilitará tener una descripción del evento así como los datos sobre los créditos, las licencias de los materiales generados y las citas correspondientes. Además, la presentación se puede asociar al a un resumen explicativo e incluso a la grabación del e...

Conocer la BIOinformación exacta, precisa, actualizada y estandarizada sobre las enfermedades es indispensable para la investigación, el diagnóstico preciso y el tratamiento idóneo, existen tres referencias básicas indispensables para nombrar y describir a las enfermedades: El CIE10, el MeSH y la ontología de enfermedades. Constantemente se generan nuevas enfermedades,  elementos patógenos nuevos y síntomas desconocidos producto de la evolución biológica que implica cambio constante. Pero esas enfermedades, como entidades biológicas y médicas, sólo existen informacionalmente en el momento en el que se reconocen, nombran, definen y se anexan al nuevo conocimiento científico, a través de los sistemas de nomenclatura internacionales de enfermedades que son catálogos, vocabularios controlados y especificaciones que permiten identificar, describir, nombrar, clasificar y declarar la existencia de una enfermedad de manera precisa, detallada, e inequívoca.  Estas enfermedades pueden a...

 De acuerdo con algunos especialistas la comida para algunos es un vicio, esto es interesante, pero para la BIOinformación presenta un caso interesante, que pasa con información que no está presente en los vocabularios controlados, que no existe en un catálogo de enfermedades o que no esta reconocido ni nombrado ni definido.  Hace un tiempo publique en este blog sobre el nacimiento de una enfermedad COVID-19 y la asignación de los nuevos nombres correspondientes a las nuevas entidades relacionadas: la enfermedad, el virus y la pandemia que generaron. Entender los fenómenos, definirlos, describirlos y nombrarlos es una de las tareas primordiales de la ciencia, porque en principio es indispensable tener un lenguaje común para comunicar el nuevo conocimiento, para eso han sido de ayuda los libros, compendios y catálogos de referencia, que en la era digital se han transformado en sofisticados cuerpos de conocimiento constituidos por distintas dimensiones informativas integradas en...

Scholia es una plataforma asociada a Wikidata que permite obtener poderosas visualizaciones de datos de la información estructurada en Wikidata, hasta el momento se puede visualizar la información desde dos perspectivas: taxonómica  y bibliográfica, la información en este recurso se organiza en tablas y gráficos dinámicos que facilitan interactuar con la información en tiempo real. Estas son las ligas para acceder a la plataforma y algunos ejemplos interesantes https://scholia.toolforge.org/ https://scholia.toolforge.org/cito/ https://scholia.toolforge.org/project/Q105582462 Scholia para cienciometría Wikidata tiene un gran potencial para realizar análisis cienciométricos porque contiene información abierta y semántica. De hecho, una de las herramientas de esta plataforma diseñada para procesar y visualizar literatura científica denominada Scholia presenta varias visualizaciones con análisis métricos dinámicos, atractivos y editabas. En realidad esta es una de mis plataformas prefe...

Programa de TV Tertulia de Educación Universitaria Temporada 6 Programa 122 Capítulo 22 “ La cienciometría y su importancia para las universidades ” SINOPSIS: Se revisará el concepto de cienciometría y su relevancia para las universidades modernas, así como sus implicaciones para docentes y estudiantes. Conductor: Dr. Melchor Sánchez Mendiola – CUAIEED, UNAM Invitados al panel: ● Dra. Layla Michán Aguirre, Facultad de Ciencias UNAM, Laboratorio de Bio-información. ● Dr. Ricardo Arencibia Jorge C3, UNAM ● Dr. Humberto Carrillo Calvet, Fac. de Ciencias y C3, UNAM Sábado 17 junio 2023,  09:00 horas por TV UNAM Jueves 22 junio 2023 12:00 horas CANAL 22.1 Después de esta fecha se subirá en línea a Media Campus UNAM. Mis ideas Pregunta 1 .- ¿Cuál es el concepto actual de cienciometría y cuál es su origen?  La cienciometría forma parte de un grupo de enfoques, métodos y aproximaciones agrupados en los denominados estudios o análisis métricos de la información, a saber: infometría, ci...

El 9 de diciembre del 2022 participamos en el evento Diálogos docentes: experiencias integrando Wikimedia en las aulas con el seminario  Herramientas Wiki para la Alfabetización Digital  organizado por Wikimedia Edicación Programa -"Wikipedia en los planes de estudio: estrategias de implementación, diseño curricular y formación docente" Expone: Jonathan Jiménez (México)  -"Utilizando Wikidata para integrar bases de datos en la enseñanza de Biociencias" Expone:  Nubia Castillas (México)  -"E nseñanza de la  biología del color con Wikidata "  Expone: Jacqueline Paredes (México) Enseñanza de la biología del color con Wikidata y Wikimedia Minerva María Romero Pérez Jacqueline Paredes Sánchez Maripaz Mejía Elizalde Delia González Marín Layla Michán Aguirre Laboratorio de Bioinformación, Departamento de Biología Comparada, Facultad de Ciencias (https://sites.google.com/bioinformacion.org/lab/Home) Resumen Los colibríes son pájaros pequeños con vuelo batido a...

  El 4to Encuentro WikiEducación es un evento virtual organizado por el programa de educación de la fundación Wikimedia se llevará a cabo el  16 y 17 de junio.  La exposición El 17 de junio de 2023 de 11:45 a 13:45 me toca presentar las distintas maneras en las que el laboratorio virtual de Bioinformación utiliza los proyectos de la Fundación Wikimedia, en especial Wikidata en la educación. En el Laboratorio Virtual de BIOinformación de la Facultad de Ciencias UNAM hacemos un uso activo de Wikidata, es una de nuestras plataformas preferidas por ser pública, abierta, colaborativa, innovadora, amigable e implementar tecnología de vanguardia, la usamos para investigar, esto es generar nuevo conocimiento biológico in silico y la usamos en la enseñanza. En este caso me enfocaré en la segunda opción, usamos esta plataforma de distintas maneras, durante el semestre 2023-2 lo hicimos desde cinco perspectivas distintas:  Intervención en los cursos de licenciatura de Bi...

 Una de las aproximaciones que utilizamos más frecuentemente en el Laboratorio Virtual de BIOinformación para hacer biociencias  in silico es la cienciometría, también conocida como ciencia de la ciencia, este enfoque consiste en realizar análisis cuantitativos a la literatura especializada comúnmente indexada en bases de datos académicas como los indices de citas y los servidores de repositorios. Consiste en realizar análisis métricos de la literatura científica o las patentes, ambas constituyen los productos científicos por excelencia. Para entender este enfoque y aplicar el método cienciométrico es necesario contar con los siguientes conocimientos y habilidades: Metadatos bibliográficos. Tipos de documentos científicos. Publicación científica. Indicadores cienciométricos (bibliometría y altmetría) Bases de datos bibliográficas: WoS, Scopus, Lens, PubMed, Open Alex, Wikidata. Gestores de bibliografía. Las iniciativas de resúmenes abiertos, citas abiertas, metadatos abiertos....

 Ciencia Abierta, Biología del color y Wikidata Participamos en el Primer  Congreso Iberoamericano de Ciencia Abierta  los días 23 y 24 de noviembre del 2022. Fu un evento novedoso e interesante al redor de uno de los temas más importantes actualmente en la academia. El evento: https://comunidad.cienciaabierta.info/t/ciencia-abierta-biologia-del-color-y-wikidata/177 El video:  https://youtu.be/9HtlPvsi8sk La infografía:  https://zenodo.org/record/7278673

 Redactar un documento científico no solo implica escribir claro y bien, incluye seguir buenas prácticas y usar las herramientas adecuadas. Si vas a tomar un curso de redacción científica y el temario no tiene los siguientes puntos, mejor busca otro. COPE  para incluir buenas prácticas en la publicación DORA y  CoARA  para considerar las buenas prácticas en el uso de indicadores cienciométricos Iniciativa Helsinki sobre Multilingüismo en la Comunicación Científica CREDiT  para definir las contribuciones de los autores Gestores y estilos bibliográficos ORCID  para agregar el ID de los autores Metadatos bibliográficos para generar datos sobre el artículo de calidad como DOI Ciencia Abierta  para implementar la ciencia abierta en el artículo Principios FAIR para generar reproducibilidad de datos y software DOAJ para elegir revistas abiertas Licencia Creative Commons para el contenido y las figuras del artículo Servidores de preprints  para deposi...

  Soy Layla , investigadora en línea, curiosa permanente, profesora virtual, detective de información digital, cazadora de recursos digitales, curadora de colecciones digitales, bióloga de literatura, amante de los datos, surfeadora en la web, tejedora de bases de datos, taxónoma de recursos digitales y biogeek.

La reunión El 14 de junio  de 9:00 a 15:00 horas se realiza el Seminario de Integrantes del C3 en el que presentaremos temas y proyectos de investigación del personal adscrito, estudiantes, investigadores asociados y colaboradores que forman la comunidad del C3. La idea es que en unas horas tengamos un panorama general de toda la investigación que realiza la comunidad del C3 para conocernos y establecer futuros apoyos y colaboraciones. Comparto a continuación e l programa del evento   y las transmisiones por video en youtube . Fue un evento muy bien organizado e interesante. Mi presentación Soy bióloga y encabezo el Laboratorio Virtual de BIOinformación de la Facultad de Ciencias de la UNAM, es un grupo interesado en promover la investigación digital en Biociencias, estamos interesados en promover el uso de la información digital, los procesos informáticos y las herramientas electrónicas abiertas e interoperables para ciencias. Trabajamos siempre en formato virtual y per...

Las herramientas por excelencia para la investigación en biociencias in silico   son, sin duda, las bases de datos; estás constituyen la principal fuente de información para recuperar procesar y visualizar datos, información y literatura. Constan de colecciones de datos, con identificadores únicos, alojadas en un software que facilita la sistematización de información comúnmente en tablas conformadas por campos y registros de datos y la asignación de metadatos. Cada base de datos tiene un propósito específico y cuando es académica porque es resultado de investigación generalmente ha sido descrita en una publicación científica. Hay miles de bases de datos y comúnmente no es fácil localizarlas. A continuación agrego una lista de fuentes en donde se reúnen conjuntos de bases de datos que pueden ser utilizadas para investigación en ciencias de la vida, de la salud relacionadas y afines.  Siempre resulta útil tener reunidas las bases de datos de una especialidad o un dominio de int...

El día 9 de junio del 2023 a las 11:00 horas presentaré la plática “ Web Semántica y Ontologías Aplicadas a Medicina Interna ” en Hospital General de México “Dr Eduardo Liceaga”, sera virtual por videocoferencia con duración de una hora. Es organizado por el servicio de Medicina Interna del hospital a través de la Coordinación de Educación a cargo del Doctor Javier Alonso Romero Bermúdez. Resumen La Web ha pasado por tres etapas que pueden definirse con base en la tecnología que se ha implementado así como en la manera en la que los usuarios la han aprovechado, se denominan Web 1.0, 2.0 o social y 3.0 llamada semántica. La Web semántica es la tercera generación en la historia de la Web, consiste en originar contenidos abiertos y estructurados en la Web con metadatos que asignan significado a la información para tener conjuntos de datos procesables por las computadoras que sean interoperables, reusables y que permitan generar mapas de conocimiento.  En la Web semántic...

Las bibliotecas han evolucionado estrepitosamente en la era digital, con la pandemia se han convertido en un recurso estratégico. Una gran cantidad de bibliotecas generan biblioguías para guiar a los usuarios de su comunidad entre los recursos, herramientas y procesos para adquirir información relevante, precisa y actualizada. Las biblioguías son un recurso educativo realmente importante muy poco utilizado en nuestro entorno pero muy útiles para todos los temas relacionados con investigación digital, existen una inmensa cantidad de guías y tutoriales de gran calidad en español e inglés, dirigidos principalmente a estudiantes de licenciatura y posgrado, las biblioguías o libguides se caracterizan por ser breves pero explícitas, presentadas de manera muy didáctica, pues la información se clasifica en secciones y se tratan los puntos principales siempre con las ligas a las herramientas electrónicas, aunque la información en varios casos está dirigida a la comunidad de la biblioteca en cu...

La Web semántica consiste en generar contenidos en la Web que estén etiquetados y marcados con metadatos que describan el significado a través de tripletes, para esto se usa el lenguaje semántico RDF. Una vez estructurada la información semánticamente, es posible generar conjuntos de datos que sean procesables y realizar análisis y visualizaciones con ellos. SPARQL es el lenguaje diseñado para realizar consultas en un conjunto de RDFs. Estos son algunos recursos para buscar información entre los RDFs de Wikidata con SPARQL de forma amigable, de tal manera que se puede explorar todo el grafo de conocimiento construido y explorar la información de esta base de datos abierta, pública y colaborativa, que además está asociada a otros proyectos de la fundación Wikimedia como Wikipedia.   https://searchy.toolforge.org/ https://wikidata.metaphacts.com/ https://searchy.toolforge.org/ https://www.entitree.com/ http://kaiko.getalp.org/sparql https://wikidata.metaphacts.com/resource/app:LifeSc...

 Todos los participantes y colaboradores del Laboratorio registramos semanalmente las siguientes actividades. Horas de trabajo semanales Porcentaje de avance de los productos académicos Notas sobre el seminario y el Journal Club Bienvenida de nuevos integrantes Despedida de colaboradores que han terminado Horas de trabajo acumuladas Estadísticas actualizadas sobre el equipo respecto a las siguientes variables: carrera, rol, proyecto, género, localización (Código Postal), edad, porcentaje de avance Fuente de la imagen:  https://www.wikiart.org/en/gene-davis/boudoir-painting-1965

¿Por qué me gusta el formato virtual a través de la Web y la información digital? Tengo una gran lista de ventajas del formato digital entre las que repito más están: - Versatil - Personalizado - Autónomo - Dinámico - La interacción digital es continua, permanente y abierta. En los Canales de comunicación fácilmente se generan bancos de preguntas experiencias impresiones y soluciones a los cuales se puede volver como una guía de preguntas frecuentes. - El espectro de actividades productos y registros y gestión del curso es exponencial y aumenta hay 1001 maneras distintas en las que se pueden desarrollar actividades Interactivas en 3D de virtuales etc. - Hay un gran espacio para la creatividad porque hay tantas maneras de expresarse y comunicarse y generar contenidos qué puede ser entretenido y disfrutable - Es posible utilizar recursos disponibles en la Web generados por otros muchos de ellos especialistas que son de gran calidad - Las herramientas electrónicas en la actualidad han per...

La ciencia se construye con base en la información, el nuevo conocimiento científico se encuentra en la literatura académica, especialmente en los artículos científicos, que se componen de las nuevas contribuciones y se sustentan en la ideas anteriores a través de las citas y referencias bibliográficas. El proyecto biocolores es una investigación biológica in silico cuyo objeto de estudio son los datos, la literatura, la información y el conocimiento en biociencias. Utilizamos como muestra de estudio la biología del color y la visión del color que nos sirven para realizar experimentos virtuales y nos facilitan estudiar variables, tanto biológicas como informacionales. Entre las primeras están los taxones, el origen del color, las funciones del color, la coloración y los patrones del color, los enfoques biológicos utilizados, y los distintos niveles biológicos involucrados, por ejemplo. En la segunda intervienen la propia información, sus procesos, propiedades y las herramientas utiliz...

Los análisis métricos utilizan la información, la bibliografía y los productos científicos para hacer análisis cuantitativos que permitan obtener tendencias, patrones, indicadores y relaciones sobre la investigación y la ciencia, incluyen la bibliometría, la infometría, la cienciometría y la altmetría y es practicada por especialistas de distintos dominios como la propia ciencia, por eso la cienciometría es conocida como ciencia de la ciencia,  la bibliotecología, la informática, las matemáticas, la economía, las ciencias de la información, la metaciencia y la gestión científica, por mencionar las más comunes. Estos enfoques tienen aplicaciones en distintas dimensiones de la práctica académica, algunas de las cuales resultan estratégicas porque son consideradas frecuentemente en la toma de decisiones. Con base en su utilidad y aplicación se pueden clasificar en siete categorías los usos de los análisis métricos de la ciencia: Administración de recursos bibliográficos. Recuperación ...

El proyecto de maestría de Ixchel Vanesa Chávez Guerrero estudiante de MADEMS de biología  se denomina " Aprendizaje por indagación digital: competencias y recursos para desarrollar el tema de evolución en el CCH ". El día de hoy 5 de junio del 2023 nos presentó su avances del cuarto semestre. Este proyecto trata principalmente de probar competencias digitales a través de la implementación de herramientas electrónicas para la enseñanza de la biología en educación media superior. El producto principal de esta investigación será una tesis. Utilizar herramientas electrónicas en la enseñanza de las escuelas afiliadas a la UNAM puede ser dificil por falta de infraestructura y presenta un reto para los profesores, que generalmente están entrenados para dar clases presenciales y con el uso de poca tecnología. La idea es utilizar algunas herramientas digitales básicas disponibles en la Web como navegadores, buscadores, fuentes, y referencias; así como desarrollar habilidades entre la...

Para identificar si un estudiante tiene el perfil para trabajar en el Laboratorio Virtual de Bioinformación  hago algunas preguntas y actividades como las siguientes: Por qué elegiste este Laboratorio para trabajar Qué esperas de tu estancia en nuestro grupo Cuáles son tus cinco talentos más relevantes Cuáles son tus tres defectos que te gustaría compartir Escribe un ensayo de una cuartilla sobre ti Describe las habilidades informáticas que has desarrollado

La comunidad de científicos que trabajan con Ciencia del Color usan una etiqueta para identificarse en los distintos canales de comunicación de la Web, de esta manera se reconocer y comparten información. Esta comunidad está conformada por investigadores, estudiantes y personal asociado. De organizan en laboratorio y grupos, publican en revistas y se reúnen en seminarios y congresos. Una manera de enterarse de todo esto para obtener información sobre los nuevos conocimientos y loe eventos sobre este tópico es identificar a cada uno de estos actores y reunirlos, aquí hay algunas ligas útiles para lograrlo. http://colsci.weebly.com/ https://twitter.com/search?q=%23ColSci&src=hashtag_click https://twitter.com/colsci_papers https://twitter.com/colscipreprints https://twitter.com/i/lists/1345045033750130688 https://www.science.org/doi/10.1126/science.aan0221 Más recursos lo voy reuniendo en la siguiente colección https://hypothes.is/users/lmichan?q=InformacionInstitucionalBiocolores que...

 Un fenómeno interesante en las ciencias actuales es las distintas interrelación que existen entre  las revistas y los datos, he identificado varias maneras en la que se relacionan ambos objetos científicos entre los que están: Las que tratan sobre datos pues tienen en el título el término Las publican los datos asociados los artículos artículo Las que tienen una sección de buenas prácticas sobre los datos que deben seguir los autores Las que definen o sugieren depositar los datos que acompañan a los artículos que publican Las que presentan los datos cienciométricos sobre los artículos publicados Fuente de la imagen:  https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Spielfiguren_(surreal)_--_2021_--_8820.jpg