BIOgarabatos

Roderic D.M. Page es un taxónomo muy entrenado en temas de información e informática que ha diseñado herramientas muy interesantes que siempre vale la pena conocer, las iré reuniendo en esta lista. https://www.wikidata.org/wiki/Q7356570 https://iphylo.blogspot.com/ https://bionames.org/labs/coverage/ https://bionames.org/ https://bionames.org/labs/match.html Fuente de la imagen:  https://botsin.space/@pomological/111335485207429286

En  el ejercicio de curación de los hospitales de México en Wikidata  en el que hemos participado para completar información sobre las especialidades y otros datos interesantes, agregamos para algunos casos, aquellos hospitales que atienden infarto agudo al miocardio. Bueno, pues otra opción es también agregar aquellos que realizan transplantes, procuran órganos para transplantes y mantienen bancos de tejidos.  Esta es una breve nota  sobre el tema. Un trasplante es un procedimiento médico en el cual un órgano o tejido de una persona, conocida como el donante, se coloca en el cuerpo de otra persona, conocida como el receptor, para reemplazar un órgano o tejido dañado, disfunsional o que ha dejado de funcionar adecuadamente. Los trasplantes se realizan con el objetivo de mejorar la calidad de vida del receptor o salvar su vida, ya que el órgano o tejido trasplantado puede realizar las funciones que el órgano o tejido original ya no puede llevar a cabo. Las modalidades...

 La Fundación Wikimedia ofrece una gran versatilidad para registrar la literatura científica. estas son algunos ejemplos que he encontrado: Wikicite Wikimedia Commons Wikisource Wikimedia Commons Hace algunos días leía el siguiente artículo que forma parte de un proyecto Wikimedia, es muy interesante porque trata sobre una base de datos de productos naturales que está asociada a Wikidata y usa activamente los recursos Wiki de la Fundación Wikimedia.   Rutz, A., Sorokina, M., Galgonek, J., Mietchen, D., Willighagen, E., Gaudry, A., Graham, J. G., Stephan, R., Page, R., Vondrášek, J., Steinbeck, C., Pauli, G. F., Wolfender, J.-L., Bisson, J., & Allard, P.-M. (2022). The LOTUS initiative for open knowledge management in natural products research. eLife, 11, e70780. https://doi.org/10.7554/eLife.70780 Algunas de las imágenes y un resumen gráfico están disponibles en Wikimedia Commons. https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Lotus_initiative_1_graphical_abstract.svg https:...

Recuperación de información El proceso de recuperación de información académica es cíclico, inicia con la definición de la pregunta y termina con el conjunto de información recuperada, termina cuando la necesidad informacional ha sido satisfecha. En muchos casos es un proceso permanente pues los especialistas constantemente consultan información para obtener actualizaciones. La recuperación de literatura empieza con la primera búsqueda, y continúa con la selección de términos más exactos, el diseño de las consultas y con las búsqueda en las bases de datos. De tal forma que la literatura recuperada propicia resultados nuevos y necesidades extras de información que deberán cubrirse. Una vez que se comprende el proceso, se ejecuta y se identifican las fuentes idóneas, sólo hace falta un poco de práctica para recuperar exitosamente la información de las bases de datos. Por lo tanto, el protocolo de recuperación de literatura consta de los siguientes pasos: Definir los términos de búsqueda ...

 La fundación Wikimedia Wikipedia es el proyecto más famoso de la fundación Wikimedia, pero todos los proyectos hermanos son muy interesantes que ofrecen una gran cantidad de recursos, algunos asociados a las entradas de la enciclopedía que son poco conocidos, que vale la pena conocer y utilizar porque son muy útiles y versátiles. Este es un breve un ejercicio que consiste en utilizar las diversas plataformas de Wikimedia para el proyecto Biocolores, que consiste en hacer experimentos de bioinformación de coloración y la visión del color desde la biología para hacer investigación digital. Los  dieciocho proyectos Wikimedia están relacionados, intercambian información, comparten herramientas, conforman un ecosistema virtual que tienen en común ser wikis que permiten leer, editar y buscar, todas son abiertas, colaborativas y políglotas, que ademas usan citas, referencias y datos ligados. Todas las iniciativas de la fundación Wikimedia  pueden clasificar con base en varios ...

SPARQL en Wikidata para BIOcolores Una vez curada la información sobre la descripción del color de los organismos en Wikidata sigue realizar las consultas en SPARQL SPARQL (SPARQL Protocol and RDF Query Language) es un lenguaje de consulta diseñado para la recuperación y manipulación de datos almacenados en formato RDF (Resource Description Framework), que es utilizado en la web semántica para representar información estructurada de manera que las máquinas puedan entenderla. SPARQL se utiliza comúnmente para consultar y extraer datos de fuentes de datos RDF, incluyendo bases de datos y grafos de conocimiento como Wikidata. SPARQL permite realizar consultas sofisticadas para recuperar información específica de Wikidata de una manera estructurada y precisa. Ligas útiles Estos son algunos de los enlaces útiles para aprender a construir consultas en Wikidata https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:SPARQL_query_service/queries/examples https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:SPARQL_tutorial h...

Hay una buena cantidad de proyectos muy interesantes que son posibles gracias a la información de Wikidata, un poco de código y la creatividad de los involucrados. Ahora me daré a la tarea de reunirlos aquí. http://www.coinzoo.net/ https://coinherbarium.com/ Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/58347953#page/391/mode/1up

Wikidata permite interactuar con libros de muchas maneras: por ejemplo se registran libros, autores, editoriales y es posible tener una biblioteca, algunas aplicaciones disponibles para libros en esta plataforma son los siguientes: https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikiProject_Books https://inventaire.io/users/lmichan/inventory Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/35774497#page/30/mode/1up

 La transparencia es una característica de los seres vivos. La carencia de color en las estructuras de los seres vivos no es común, los casos más conocidos de carencia de color son en las alas de las mariposas y caballitos del diablo. El paso de la luz a través del cuerpo tiene la función de camuflaje. Es así que,  será interesante, reunir todos los organismos transparentes y que tengan transparencias registrados en la literatura biológica en Wikidata. Para esto tenemos que considerar lo siguiente: Explorar la literatura sobre transparencia en los seres vivos Reunir todos los casos de organismos transparentes o con transparencias Identificar los elementos y las propiedades que describan esta coloración Hacer consultas para visualizar la información de distintas formas y utilizando diferentes variables Organismos transparentes Bagre de Cristal ( Kryptopterus vitreolus ) este pez es transparente debido a la falta de escamas y carencia de pigmentos, todos los órganos del cuerpo e...

1. ¿Cómo descubriste que Wikipedia/Wikidata es una aliada de la educación? Soy una apasionada de la información, todo el tiempo estoy investigando en línea, me centro en las particularidades de la información científica e intento descubrir todas las novedades informáticas que se puedan implementar en la investigación digital. Empecé a hacer investigación simultáneamente a la evolución de  Internet he transitado por todas las generaciones de la Web. En los primeros años de Wikipedia conocí esta enciclopedia, me apasionó el formato Wiki y la consultaba constantemente, resulta que un día revisando literatura académica encontré un artículo que estudiaba la confiabilidad de las entradas de Wikipedia, esto llamó mi atención, al leer el artículo, me impresionó la alta calidad de los artículos generados por la comunidad, esto fue un parteaguas para mi, porque me quedó claro que para generar buenos contenidos no es necesario ser un científico, se derribó un gran mito en mi mente, eso me imp...

Al describir la información sobre el color y los patrones de coloración en los seres vivos relacionamos una gran cantidad de variables, una de las más interesantes es la función de la coloración por su importancia biológica. Ahora estamos indagando sobre la mejor manera de describir esa función utilizando los elementos y las propiedades de Wikidata. Vemos un ejemplo con base en la coloración de la Cebra Comúnmente la coloración en los mamíferos tiene funciones biológicas como las siguientes: confundir a los depredadores, camuflaje, termorregulación, protección solar, selección sexual o reconocimiento intraespecífico, por ejemplo. El proceso Primero es necesario localizar información científica sobre el tema, he encontrado y seleccionado este artículo con nuevo conocimiento científico que describiré en la base de datos de Wikidata https://doi.org/10.1242/jeb.244778 Después identifico en el texto el tipo de información en lenguaje natural que queremos representar, sería el siguiente: El ...

Estamos realizando un experimento in silico con Wikidata para generar biodatos sobre el color de los organismos que obtenemos de los artículos científicos, de tal manera que, aplicamos la tecnología semántica para generar datos estructurados, abiertos, públicos, reutilizables  y disponibles para todos, que además permitan generar y difundir mapas de nuevo conocimiento  biológico.   El procedimiento de biocuración que realizamos consta describir por medio de tripletes las distintas variables asociadas a la coloración de distintos organismos y como taxón, tono, patrón de color, parte, tipo de color, pigmento, tipo celular, etapa de desarrollo, sexo, por ejemplo. Además, cada registro se relaciona con el artículo en el que se publicaron los datos.  La idea es identificar el procedimiento más eficiente y las herramientas digitales más útiles para generar datos de calidad, integrados, enriquecidos e interoperables capaces de generar mapas con nuevo conocimiento biol...

Wikidata tiene un gran potencial para producir aplicaciones, estas son herramientas que han diseñado los usuarios basados en la información que indexa la plataforma para generar análisis y visualizaciones que son dinámicas, automáticas, y abiertas veamos algunas de las que más me gustan: https://wikipulse.com/ https://scholia.toolforge.org/ https://wikxhibit.org/ https://isobelm.github.io/Software-Engineering/#/ https://dataviz.toolforge.org/ Fuente de la imagen: https://www.wikiart.org/en/olga-rozanova/non-objective-composition-suprematism-1

Dentro del proyecto denominado "Código salud" hemos estado curando información sobre los hospitales de México en Wikidata para agregar información estructurada que permita tomar decisiones, una de las variables de nuestro interés son los tratamientos que se pueden realizar en estos nosocomios, en especial los que salvan más vidas como: infarto agudo al miocardio e infarto cerebral. Recientemente hemos detectado que sería factible agregar información sobre los hospitales que realizan transplantes en el país, veremos cuál es la mejor forma de hacerlo, por ejemplo sería interesante agregar los hospitales que realizan los transplantes, los órganos transplantados, el tipo de  hospital, etc... Aquí ire reuniendo algunas fuentes primarias sobre el tema: https://datos.gob.mx/busca/organization/cenatra Fuente de la imagen:  https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/12/CG_Heart.gif/480px-CG_Heart.gif

Scholia es una plataforma asociada a Wikidata que permite obtener poderosas visualizaciones de datos de la información estructurada en Wikidata, hasta el momento se puede visualizar la información desde dos perspectivas: taxonómica  y bibliográfica, la información en este recurso se organiza en tablas y gráficos dinámicos que facilitan interactuar con la información en tiempo real. Estas son las ligas para acceder a la plataforma y algunos ejemplos interesantes https://scholia.toolforge.org/ https://scholia.toolforge.org/cito/ https://scholia.toolforge.org/project/Q105582462 Scholia para cienciometría Wikidata tiene un gran potencial para realizar análisis cienciométricos porque contiene información abierta y semántica. De hecho, una de las herramientas de esta plataforma diseñada para procesar y visualizar literatura científica denominada Scholia presenta varias visualizaciones con análisis métricos dinámicos, atractivos y editabas. En realidad esta es una de mis plataformas prefe...

El 9 de diciembre del 2022 participamos en el evento Diálogos docentes: experiencias integrando Wikimedia en las aulas con el seminario  Herramientas Wiki para la Alfabetización Digital  organizado por Wikimedia Edicación Programa -"Wikipedia en los planes de estudio: estrategias de implementación, diseño curricular y formación docente" Expone: Jonathan Jiménez (México)  -"Utilizando Wikidata para integrar bases de datos en la enseñanza de Biociencias" Expone:  Nubia Castillas (México)  -"E nseñanza de la  biología del color con Wikidata "  Expone: Jacqueline Paredes (México) Enseñanza de la biología del color con Wikidata y Wikimedia Minerva María Romero Pérez Jacqueline Paredes Sánchez Maripaz Mejía Elizalde Delia González Marín Layla Michán Aguirre Laboratorio de Bioinformación, Departamento de Biología Comparada, Facultad de Ciencias (https://sites.google.com/bioinformacion.org/lab/Home) Resumen Los colibríes son pájaros pequeños con vuelo batido a...

  El 4to Encuentro WikiEducación es un evento virtual organizado por el programa de educación de la fundación Wikimedia se llevará a cabo el  16 y 17 de junio.  La exposición El 17 de junio de 2023 de 11:45 a 13:45 me toca presentar las distintas maneras en las que el laboratorio virtual de Bioinformación utiliza los proyectos de la Fundación Wikimedia, en especial Wikidata en la educación. En el Laboratorio Virtual de BIOinformación de la Facultad de Ciencias UNAM hacemos un uso activo de Wikidata, es una de nuestras plataformas preferidas por ser pública, abierta, colaborativa, innovadora, amigable e implementar tecnología de vanguardia, la usamos para investigar, esto es generar nuevo conocimiento biológico in silico y la usamos en la enseñanza. En este caso me enfocaré en la segunda opción, usamos esta plataforma de distintas maneras, durante el semestre 2023-2 lo hicimos desde cinco perspectivas distintas:  Intervención en los cursos de licenciatura de Bi...

La Web semántica consiste en generar contenidos en la Web que estén etiquetados y marcados con metadatos que describan el significado a través de tripletes, para esto se usa el lenguaje semántico RDF. Una vez estructurada la información semánticamente, es posible generar conjuntos de datos que sean procesables y realizar análisis y visualizaciones con ellos. SPARQL es el lenguaje diseñado para realizar consultas en un conjunto de RDFs. Estos son algunos recursos para buscar información entre los RDFs de Wikidata con SPARQL de forma amigable, de tal manera que se puede explorar todo el grafo de conocimiento construido y explorar la información de esta base de datos abierta, pública y colaborativa, que además está asociada a otros proyectos de la fundación Wikimedia como Wikipedia.   https://searchy.toolforge.org/ https://wikidata.metaphacts.com/ https://searchy.toolforge.org/ https://www.entitree.com/ http://kaiko.getalp.org/sparql https://wikidata.metaphacts.com/resource/app:LifeSc...

La base de un buen mapa de conocimiento es que responde una buena pregunta, para responder un cuestionamiento con tecnología semántica, es necesario que las variables sean parte de las declaraciones realizadas con tripletes de RDF. El potencial de Wikidata para hacer mapas de conocimiento sobre cualquier cosa es infinito, esta es una lista de consultas que tengo por hacer en SPARL clasificadas por temas: BIOhistoria Historia de la Biología Todos los naturalistas que se casaron (spouse) con su familiar (relatives) Diferencia de edad entre los naturalistas y sus esposas Obras de la literatura que hacen referencia a un naturalista (El tulipán negro, El amor de mi vida) BIOcolores Colores reportados para todos los vertebrados Color de pelaje de los toros y los caballos y los chivos Células de pigmentación Nombres de especies que hacen referencia a su color Colores de ojos en los animales Organismos con color azul

La serie de artículos denominada 10 simples reglas es está constituida por un conjunto de artículos realizados por una iniciativa de la editorial PLOS son artículos breves,  claros y precisos en los que se describe algún tema, actividad o habilidad con base en 10 reglas simples. Dado que esta es una colección interesante con gran impacto en la comunidad académica, han seguido esta tendencia y han aparecido algunos otros artículos con este formato. Por su utilidad yo los uso mucho y los recomiendo para utilizarlos en las clases y para los estudiantes que están haciendo su tesis o practicando sus pininos en investigación, he reunido en una colección de PubMed y aquí están las ligas para encontrarlos ágilmente. Esta es la colección en PLOS  https://collections.plos.org/collection/ten-simple-rules/ Google scholar  https://scholar.google.com/scholar?hl=es&as_sdt=0%2C5&q=%22ten+simple+rules%22&btnG= Artículos en PubMed  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=%2...