BIOgarabatos

Tablero Infovestigación La investigación digital es un proceso detallado, meticuloso y robusto, caracterizado por utilizar fuentes de información digitales de calidad aplicar métodos, herramientas y técnicas informáticas para recolectar, analizar y utilizar información disponible en línea siguiendo un método que incluya el diseño de preguntas singulares y relevantes, el descubrimiento de datos el análisis y la discusión de los resultados, siempre incluye una revisión exhaustiva de la literatura, en nuestro caso que hacemos biología la bibliografía es científica generalmente. De tal forma que se trata de buscar, rastrear y evaluar datos electrónicos con el objetivo de plantear nuevas preguntas, resolver problemas, tomar decisiones y generar conocimiento novedoso que sea reproducible y corroborable.  La investigación in silico basada en información, literatura o datos especializados producto de la actividad académica en la que se siguen métodos estrictos y minuciosos para generar nue...

 La actividad medular de un investigador es escribir artículos, principalmente de investigación, para hacer este proceso eficiente y siguiendo buenas prácticas es necesario contar con las herramientas digitales adecuadas para hacer un buen trabajo colaborativo. Cada vez que estamos en el proceso de preparación de un documento académico hay varias herramientas que usamos consistentemente para cada una de las etapas de la publicación, así que me parecido una buena idea reunirlas todas y poner una breve nota de cuál es su función principal.  Conforme avance el año seguramente hay nuevas herramientas que incluiré, mientras excluiré otras, así que esta será una entrada que iré actualizando continuamente mientras la utilizo: Directory of open access journals (DOAJ)  https://doaj.org/  para asegurarme de que la revista es de acceso abierto. Journal Checker Tool https://journalcheckertool.org/ en caso de buscar una revista en inglés sin APC. LATINDEX  https://www.lati...

2024 ha sido un año convulso en temas tecnológicos, la inteligencia artificial y las redes sociales han jugado un papel definitivo en la toma de desiciones, la publicidad, la infodemia, la postverdad y la mercadotecnia hoy mas que nunca han demostrado su poder, la tecnología usada, utilizada con poca critica y falta de responsabilidad han definido el presente y el futuro. Como cada año este fin de mes me toca revisar las herramientas digitales que he utilizado durante todo el año para el 2024 para realizar investigación, he elegido la siguiente lista que cumple con las condiciones acorde a mi filosofía de trabajo, esto es que son abiertas, amigables, eficientes e imprescindibles para mi trabajo académico, de tal manera que, resultan útiles tanto para mi investigación, como para la enseñanza y la difusión, están en orden de importancia: Hypothes.is pase lo que pase permanece en la lista Mastodon siempre me ha gustado pero en los últimos meses su funcionalidad y eficiencia ha aumentado c...

Hypothes.is es una plataforma de anotación web que permite a los usuarios destacar, comentar y discutir contenido en línea de manera colaborativa. Lanzada en 2013, su objetivo es mejorar la experiencia de lectura y fomentar la participación activa en las discusiones sobre el contenido digital. Esta plataforma también fomenta el uso de estándares abiertos, permitiendo integraciones con diversas herramientas y servidores, lo que ayuda a fortalecer la investigación y el acceso al conocimiento compartido.  El pasado 20 de diciembre complete mi anotación social y semántica número diez mil en mi perfil de usuario   https://hypothes.is/users/lmichan , empecé a utilizar esta aplicación  el 7 de septiembre del 2018, desde el primer día se convirtió en mi herramienta de investigación favorita, durante siete años consecutivos ha estado en mi top ten de herramientas digitales para investigación de cada año, siempre en los primeros lugares. Algunas anotaciones son públicas 7, 107...

La  Web es dinámica, cambia constantemente acorde con las tendencias y las necesidades, en los pocos años que la he utilizado para hacer investigación digital, he visto constantemente la aparición de nuevas tecnologías y la desaparición de otras, las modas van y vienen, pero las utilidades clásicas perduran. La tecnología de la Web se ha vuelto más compleja, pero los buscadores, las redes sociales, los RSS y los blogs siguen siendo los protagonistas de la comunicación a través de Internet, en especial entre la comunidad académica. Aunque hace algunos años pensamos que con las redes sociales los blogs disminuirían su utilidad, han resultado ser un excelente recurso para comunicar las ideas, los proyectos, los eventos, y los productos de ciencia. The Rogue Scholar The Rogue Scholar  ( https://rogue-scholar.org/es )  se lanzó se lanzó en abril de 2023, es un servicio realmente interesante que integra, reúne y mejora los blogs científicos, de tal manera que sean encontra...

 La gestión de eventos en la investigación digital es clave, continuamente tengo que asistir a actividades académicas como cursos, talleres, seminarios, conferencias, clubs de lectura. Generalmente me restrinjo a los que son en línea por videoconferencias, y me entero de ellos por medio de mis alertas de correo, RSS o por Mastodon, a algunos asisto de manera simultánea, otros los veo en video por medio de las grabaciones. En todos los casos los reúno, y los gestiono utilizando Google Calendar (https://biogarabatos.blogspot.com/2023/09/calendario-bioinformacion.html). Mi mejor fuente de información, por la cantidad y frecuencia de eventos que obtengo es Mastodon, además, esta plataforma me facilita difundir y reunir de manera pública todos los eventos de interés para el Laboratorio Virtual de BIOinformación, para esto uso la etiqueta https://mstdn.social/tags/EventoBIOinformaci%C3%B3n, además agrego los metadatos del día y la fecha del suceso para gestionarlos correctamente. To...

Una licencia abierta es un conjunto de términos y condiciones legales que permiten a los creadores otorgar a otros usuarios el derecho de utilizar, compartir y modificar su obra de manera específica y flexible. Estas licencias están diseñadas para promover la colaboración y el intercambio de conocimientos al tiempo que protegen los derechos del autor. Los principios clave de las licencias abiertas incluyen la accesibilidad, la redistribución y la posibilidad de realizar cambios en la obra original. Al adoptar licencias abiertas, los creadores pueden contribuir al desarrollo de un entorno más colaborativo y accesible, fomentando la difusión de la información y la creatividad en diversos campos. Ejemplos comunes de licencias abiertas son las licencias Creative Commons, el dominio público y el software libre, que ofrecen una gama de permisos que van desde la simple atribución hasta la autorización para crear obras derivadas y compartir bajo condiciones similares. Creative Commons Una lice...

Hasta ahora la inteligencia artificial de texto generativa se basa principalmente en el modelo de lenguaje basado en procesamiento, son robots que se dedican a procesar y reescribir el lenguaje natural disponible en la Web. Pero la tecnología de la información actualmente está desarrollada mucho más que eso, ahora el reto es producir información estructurada y semántica, de tal manera que, sea posible generar nuevo conocimiento a partir de la información con significado que se ha creado en la web semántica, hacia allá vamos. Para explicar esto mas claramente, podría usar la alegoría de qué en lugar de que sean simples pericos informáticos que repiten lo que leen, ese  genera en robots que sean capaces de interconectar y relacionar variables entre millones y millones de datos para identificar nuevas tendencias y patrones que nosotros no hemos identificado, porque se encuentran lejanas unas de otras y no logramos relacionar su significado entre los millones de datos que existen, esto...

Yo promuevo la ciencia abierta, por eso busco incesantemente  herramientas de código abierto, amigables, publicas y gratuitas para hacer y compartir los datos de mis investigaciones. En un principio utilicé Airtable porque es amigable, eficiente y permite compartir información, pero como suele suceder con estas compañías, conforme tienen éxito disminuyen las funciones libres, eliminan opciones abiertas y dificultan mantener las funciones, por eso he dejado de usarla.  Como siempre sucede en estos casos, eliminar una aplicación de mi caja de herramientas me obliga a buscar un sustituto, e invariablemente cuando esto pasa, el resultado es que encuentro una mejor aplicación. Hoy no fue la excepción, encontré una excelente alternativa llamada Baserow  https://baserow.io/  que estaré probando. Inscribirse fue sencillo y rápido. Pude importar muy fácilmente todas las bases de datos de Airtable, antes de que Airtable elimine su APP, porque ya publicaron sus sucias intencion...

Conocer y utilizar herramientas electrónicas clásicas y de vanguardia para investigación digital e importante, las  herramientas electrónicas  para investigación digital, también llamados recursos digitales son programas que permiten procesar datos, información, literatura y conocimiento durante el ciclo de la investigación digital. He reunido las cajas de herramientas que encuentro en la siguiente colección digital para utilizarlas y probarlas en hypothes.is.  https://hypothes.is/users/lmichan?q=IDToolkit%F0%9F%A7%B0 Estas son algunas de las más útiles Tagteam  https://tagteam.harvard.edu/hubs/infovestigacion/tag/🧰idtoolkit kit recursos ID es una lista de herramientas para investigación digital que tienen cuenta en Twitter  https://twitter.com/i/lists/1270345554992611331 El catálogo de herramientas y recursos de Force11 es un inventario dinámico de 158 recursos académicos basados en la web  https://www.force11.org/catalog# Web Skills tiene una descripc...

 Las herramientas digitales son aplicaciones, software, plataformas y recursos tecnológicos que se utilizan en entornos digitales para realizar una variedad de tareas, funciones y procesos. Estas herramientas aprovechan la tecnología informática y la conectividad a Internet para facilitar diversas actividades en campos como la comunicación, la productividad, la educación, la colaboración, el entretenimiento y mucho más.  La investigación en la era digital se ha beneficiado enormemente de una amplia gama de herramientas digitales que facilitan la recopilación, el análisis y la comunicación de datos e información. Aquí hay una lista de algunas herramientas digitales útiles para la investigación en diversas disciplinas. Una clasificación útil para las herramientas digitales es la que se hace con base en las funciones que realizan, en general todas tienen un propósito principal e integran otras funciones útiles, veamos algunos casos: Función general Navegador Buscador Descubridor ...

 En la investigación digital son herramientas indispensables las que permiten procesar, analizar o visualizar los contenidos de un documento electrónico, estas son algunas de mis favoritas. https://voyant-tools.org/ https://tobloef.com/text2mindmap/ Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/49653636

MesH es Sistema de Organización de Conocimiento digital  que tiene papel protagónico en la organización y recuperación de información científica y de mayor impacto en las biociencias. En el vasto, diverso y complejo mundo de la literatura científica, el Medical Subject Headings (MeSH) de PubMed actúa como un guía, permitiendo a los investigadores navegar por el conjunto de la información biomédica de manera eficiente y precisa.  En el contexto actual de explosión de información, MeSH desempeña un papel fundamental al evitar la sobrecarga de información. Permite a los usuarios refinar sus búsquedas y acceder de manera eficiente a la información relevante sin quedar abrumados por la cantidad de resultados. MeSH funciona como un filtro inteligente que ayuda a los investigadores de manera amigable a utilizar información estructurada. A pesar de sus beneficios, MeSH enfrenta desafíos, como la necesidad de actualización constante para reflejar la evolución del conocimiento médico, l...

P R O X I M A M E N T E Taller en línea de escritura científica, consiste en contenidos teórico prácticos para hacer una investigación digital y escribir un reporte científico simple, o incluso, un artículo de difusión enseñanza o investigación, sobre algún tema de  biociencias, las actividades incluyen búsqueda de literatura y una breve revisión para tener un estado del arte.  Fuente de la imagen:  https://botsin.space/@pomological/111324868323605858 Podrá incluir, un seminario de discusión y un journal club en el que se revisarán artículos relacionados con la investigación, las herramientas, la escritura de documentos académicos. La investigación digital ha emergido como complemento de la investigación y ha redefinido los límites de la ciencia, en un mundo cada vez más interconectado, con gran capacidad de acceder, analizar y sintetizar datos a través de plataformas digitales y de sus múltiples  dimensiones como sus métodos innovadores hasta sus implicaciones ética...

Hay disponibles en la Web muy buenos recursos de e-biología que permiten localizar herramientas para usar y procesar biodatos que son comúnmente utilizadas para investigación digital,  en la biología in silico y la   bioinformática, pero poco conocidas y vale la pena conocer y probar: https://bio.tools https://elixir-europe.org/platforms/tools https://scicrunch.org/resources Fuente de la imagen:  https://commons.wikimedia.org/wiki/Kunstformen_der_Natur#/media/File:Haeckel_Peromedusae.jpg

Roderic D.M. Page es un taxónomo muy entrenado en temas de información e informática que ha diseñado herramientas muy interesantes que siempre vale la pena conocer, las iré reuniendo en esta lista. https://www.wikidata.org/wiki/Q7356570 https://iphylo.blogspot.com/ https://bionames.org/labs/coverage/ https://bionames.org/ https://bionames.org/labs/match.html Fuente de la imagen:  https://botsin.space/@pomological/111335485207429286

 Generar recursos de acceso abierto es indispensable para democratizar y difundir el conocimiento científico, para todos, pero no basta que el acceso sea abierto, el recurso debe ser disponible, público, gratuito, accesible, interoperable, reutilizable e inmediato, que permitan la interacción y la colaboración, esto aplica para todos los recursos que se producen en la academia, en especial los educativos, es una responsabilidad social que los científicos deben cumplir, el conocimiento al servicio de la humanidad. Por eso resulta muy útil depositar los distintos materiales en repositorios de recursos educativos: Presentaciones Conferencias Videos Reportes Recursos educativos Imágenes Materiales didácticos Rúbricas Ejercicios Referencias https://knowledgeequitynetwork.org/the-declaration/spanish/ https://www.unesco.org/es/legal-affairs/recommendation-open-educational-resources-oer https://www.openaccessweek.org/ https://www.leeds.ac.uk/curriculum-redefined/doc/how-might-we-guides htt...

Una referencia bibliográfica es la descripción completa y estandarizada de una fuente de información utilizada en un trabajo académico o científico, son los metadatos esenciales rastrear y acceder a un documento o  fuente.  La referencia, ficha o asiento bibliográfico incluye el nombre del autor, el título del trabajo, el año de publicación, la editorial (en caso de libros), la revista (en caso de artículos), y otros detalles específicos según el tipo de la fuente, para los documentos digitales es indispensable el DOI , un enlace permanente o la URL. Es importante recordar que los metadatos bibliográficos están asociados al DOI, lo que facilita gestionarlos para generar referencias y citas y que los formatos para las referencias en lenguaje máquina pueden estar en RIS, Bibtext o JSON por ejemplo. Las referencias bibliográficas siguen formatos de estilo específicos, como APA, MLA o Chicago, que proporcionan reglas y pautas para la presentación uniforme de la información. Aplica...

Llegó el momento probar las aplicaciones Web para escribir textos científicos en español para evaluar su funcionamiento, funciones y capacidades, seleccionaré solo aquellas que sea abiertas y de calidad, conforme vaya avanzando ire completado la información sobre mi experiencia. Las aplicaciones Estas son algunas plataformas que estoy probando para generar textos científicos automáticos https://chat.openai.com/ . Esta plataforma genera textos generales sobre un tema determinado, pueden ser de varios tipos ensayos, guías e incluso código. Agregas una instrucción y te escribe un texto corto, general y simple como respuesta a tus incógnitas, es un asistente virtual. Es indistinto el idioma en el que generes la instrucción, solo define el lenguaje de salida, el contenido que se genera es muy parecido. https://app.jenni.ai/ . Escribes un tema y te va sugiriendo oraciones y párrafos, que puedes usar o generar otro alternativo. Te permite generar 500 palabras, la generación de texto es tedios...

 ChatGPT  es un programa diseñado para escribir textos coherentes y relevantes, extraídos y sintetizados automáticamente de otros textos alojados en la Web, funcionamiento lo explica el propio chat disponible en la dirección  https://chat.openai.com/  como respuesta a la pregunta ¿ Cómo funciona ChatGPT ? ChatGPT es un modelo de lenguaje basado en la arquitectura GPT-3.5 desarrollado por OpenAI. Funciona mediante la generación de texto en respuesta a las entradas de los usuarios utilizando un enfoque de procesamiento de lenguaje natural (NLP). Aquí te explico cómo funciona de manera simplificada: 1. Entrenamiento: ChatGPT ha sido entrenado previamente en una gran cantidad de datos textuales de Internet, que incluyen libros, artículos, sitios web y más. Durante el entrenamiento, el modelo aprende patrones gramaticales, conocimiento general y contexto lingüístico a partir de estos datos. 2. Procesamiento de texto: Cuando un usuario ingresa una pregunta o una solicitud ...