BIOgarabatos

Los proyectos Wikimedia son muy útiles en la enseñanza porque combinan el desarrollo de habilidades tecnológicas, científicas y personales a través de la colaboración, el uso de plataformas y procesamiento de información. Nosotros la utilizamos especialmente en los siguientes casos 1) Introducir a los estudiantes en las bases de datos biológicas,  2) explicar el funcionamiento general de Wikipedia, Wikidata y Wikimedia Commons para encontrar y generar información sobre bases de datos biológicas,  3) El wikiproyecto bases de datos biológicas ( https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Bases_de_Datos_Biociencias ) y editar las bases de datos biológicas en Wikidata 4) Usar las consultas de SPARQL para procesar y visualizar información sobre biobases de datos.  Este proyecto permite utilizar las bases de datos biológicas para enseñar a los estudiantes el uso de Wikidata, explicar los datos ligados y la Web semántica, los formatos RDF y JSON, las consultas SPARQL y las herramient...

 Una de las herramientas informáticas más usadas por los biólogos son las bases de datos biológicas, que pueden clasificarse en dos grandes tipos, las que tienen bibliografía y las que registran información biológica propiamente como especies, genes, proteínas, virus, enfermedades.  Hemos estado trabajando en el proyecto BIOdatabases, que consiste en reunir las bases de datos de biociencias para hacer investigación, con la finalidad de saber cuáles permanecen están activas y qué tipo de información reúnen. Las bases de datos están marcadas en hypothes.is y se curan también en Wikidata. Hemos reunidos miles de bases de datos de interés para las biociencias. Actualmente estamos realizando un experimento informático que consiste en identificar todas aquellas bases de datos que podamos utilizar para el el proyecto BIOcolores, esto es, que sean de utilidad para procesar información sobre biología del color o visión del color, veamos esto con mas detalles.  En principio, serían...

Las herramientas por excelencia para la investigación en biociencias in silico   son, sin duda, las bases de datos; estás constituyen la principal fuente de información para recuperar procesar y visualizar datos, información y literatura. Constan de colecciones de datos, con identificadores únicos, alojadas en un software que facilita la sistematización de información comúnmente en tablas conformadas por campos y registros de datos y la asignación de metadatos. Cada base de datos tiene un propósito específico y cuando es académica porque es resultado de investigación generalmente ha sido descrita en una publicación científica. Hay miles de bases de datos y comúnmente no es fácil localizarlas. A continuación agrego una lista de fuentes en donde se reúnen conjuntos de bases de datos que pueden ser utilizadas para investigación en ciencias de la vida, de la salud relacionadas y afines.  Siempre resulta útil tener reunidas las bases de datos de una especialidad o un dominio de int...

Las bases de datos son dinámicas, nacen, crecen se desarrollan, reproducen y mueren Sin duda, las herramientas protagónicas de la revolución digital son tres: los dispositivos electrónicos, las computadoras y las bases de datos. Las bases de datos con información sobre biodiversidad son herramientas estratégicas e indispensables para la investigación, enseñanza, comunicación y gestión de la biodiversidad. Palabras clave: bibliometria, revision de literatura, Que, como, cuándo y por que se ha investigado sobre bases de datos de biodiverdidad Plan Dónde: Quiénes: Buscar colaboradores Tania Gerardo Diana Norma Lidia Por qué: No hay un compendio de dbs sobre biodiversidad un buen inicio es obtenerlas de la literatura Qué pasa con las bases de datos. MX muchas bases de datos no documentadas Para qué: Entender lo que se ha hecho Cuándo: Qué es una base de datos, diferencia entre database y dataset Las bases de datos sobre biodiversidad Tipos Problemas Catálogos Proyec...

Como parte de las descripciones sobre coloración en los seres vivos curamos los pigmentos que producen la coloración, el procedimiento es el siguiente: Localizar en la literatura un pigmento responsable de un tono de color Localizar el producto natural en wikidata Corroborar si está clasificado como pigmento, si no lo está se agrega. Relacionar el taxón y el color al que hacen referencia. En un futuro exploraremos la manera de agregar otras variables como el gen que sintetiza el pigmento y el tipo celular en el que se localiza. Curar esta información es todo un reto por las siguientes razones porque varía mucho la nomenclatura de las sustancias químicas y eso dificulta encontrar la información, para identificar los pigmentos utilizamos bases de datos de sustancias químicas como PubChem  y  LOTUS . LOTUS Una de las bases de datos que están en nuestra lista de biobases de datos biológicas con aplicación para el proyecto BIOcolores es  LOTUS  mantenida por el  pro...