Bases de datos y biología del color

 Una de las herramientas informáticas más usadas por los biólogos son las bases de datos biológicas, que pueden clasificarse en dos grandes tipos, las que tienen bibliografía y las que registran información biológica propiamente como especies, genes, proteínas, virus, enfermedades. 

Hemos estado trabajando en el proyecto BIOdatabases, que consiste en reunir las bases de datos de biociencias para hacer investigación, con la finalidad de saber cuáles permanecen están activas y qué tipo de información reúnen. Las bases de datos están marcadas en hypothes.is y se curan también en Wikidata. Hemos reunidos miles de bases de datos de interés para las biociencias.

Actualmente estamos realizando un experimento informático que consiste en identificar todas aquellas bases de datos que podamos utilizar para el el proyecto BIOcolores, esto es, que sean de utilidad para procesar información sobre biología del color o visión del color, veamos esto con mas detalles. 

En principio, serían útiles todas aquellas bases de datos que cumplan con las siguientes características:

• Que reporten colores
• Que traten sobre pigmentos, bioluminiscencia o color estructural en los seres vivos
• Qué reporten funciones directamente relacionadas con el color: aposematismo, mimetismo, camuflaje
• Qué hagan referencia a los ojos, la retina, las opinas o la visión del color

El procedimiento para identificarlas es el siguiente:

1. Explorar la base de datos
2. Encontrar el objeto de estudio principal de la colección
3. Definir si tiene una plicación directa a biocolores
4. Explorar con detalle los registros y definir si es de utilidad
5. Registrarla en Hypothes.is con las etiquetas: Hub Biocolores🌈 y Biodatabases

Aquí hay un ejemplo

Esta base de datos de rasgos es de interés para biología del color, de los [223 rasgos](https://spidertraits.sci.muni.cz/traits) tiene dos colecciones relacionadas directamente con biocolores:

https://spidertraits.sci.muni.cz/traits/10 color del prosoma

https://spidertraits.sci.muni.cz/traits/36 número de ojos

Hasta el momento hemos identificado estas bases de datos de interés para la Biología del Color, algunas preguntas que queremos responder usando esta información son las siguientes:

• ¿La base de datos sigue los principios FAIR?
• ¿Qué tan amigables e intuitivas son las plataformas para buscar?
• ¿Cuáles son las estadísticas de la base de datos?
• ¿Cómo podemos usar la información de esas bases de datos en el proyecto BIOcolores?

Ya tenemos algunas respuestas para la última pregunta sobre cómo utilizar las bases de datos para biología del color:

1. Registrar los colores en Wikidata
2. Procesar la información y generar visualizaciones
3. Investigar la historia de esa información
4. Identificar las herramientas para procesar la información
5. Encontrar qué se ha publicado sobre el tema
6. Asociar a la literatura la información
7. Establecer si es información estructurada y ligada

Las bases de datos que pueden consultar en la siguiente liga: https://hypothes.is/users/lmichan?q=tag%3ABiodatabases+tag%3A%F0%9F%A6%8BBiocolores. 

Fuente de la imagen: https://mas.to/@Jgbird/109595027864000064