La ciencia se construye con base en la información, el nuevo conocimiento científico se encuentra en la literatura académica, especialmente en los artículos científicos, que se componen de las nuevas contribuciones y se sustentan en la ideas anteriores a través de las citas y referencias bibliográficas.
El proyecto biocolores es una investigación biológica in silico cuyo objeto de estudio son los datos, la literatura, la información y el conocimiento en biociencias. Utilizamos como muestra de estudio la biología del color y la visión del color que nos sirven para realizar experimentos virtuales y nos facilitan estudiar variables, tanto biológicas como informacionales. Entre las primeras están los taxones, el origen del color, las funciones del color, la coloración y los patrones del color, los enfoques biológicos utilizados, y los distintos niveles biológicos involucrados, por ejemplo. En la segunda intervienen la propia información, sus procesos, propiedades y las herramientas utilizadas para gestionarla.
Nuestro método consiste en reunir datos para estructurarlos, curarlos, procesarlos, analizarlos, contextualizarlos y visualizarlos utilizando la tecnología informática y la Web. De tal manera que realizamos investigación digital en biociencias con base en la información electrónica para entender las características y funciones de la información desde sus distintas dimensiones, componentes, niveles de complejidad y aproximaciones.
El entorno virtual facilita hacer todo tipo de experimentos con la inmensa y variada información especializada que generan los científicos, estudiantes o incluso ciudadanos producto de grandes proyectos internacionales, mucha de esta información además se comparte y reusa en la Web a través de distintas plataformas. En estos experimentos no solo participan biólogos, porque una condición distintiva de la investigación digital en biociencias es la multidisciplina, siempre es necesario colaborar con especialistas en información, informática, biomedicina, medicina, agronomía, veterinaria y matemáticas, por ejemplo.
Los experimentos tratan sobre los distintos fenómenos involucrados en la producción de conocimiento en las biociencias como las propias disciplinas biológicas, aproximaciones novedosas entre las que están la ciencia ciudadana, la museómica y la bibliómica, los recursos más innovadores para representar la información como son los modelos en tercera dimensión, los laboratorios interactivos, los gráficos producidos por data visualization (dataviz), la biocuración de datos entre bases de datos biológicas y bio-ontologías. También podemos utilizar conjuntos de datos y sus metadatos asociados con accedo abiertos provenientes de diversas fuentes y procesarlos con una infinidad de programas, aplicaciones y algoritmos en plataformas simples y amigables, en formatos como XML, RDF y OWL, o incluso programar con lenguajes como python, R y java.
Nuestro objetivo es entender todo lo relacionado con la información digital especializada que viaja a través del Internet y la manera en la que se utiliza en la práctica científica para determinar la mejor manera de hacerlo, los recursos electrónicos idóneos lograrlo y las distintas maneras de enfrentar los problemas que presentan.
La experimentación in silico con información digital constituye una investigación singular, versátil y poderosa en las biociencias porque es barata, está disponible para todos, sin importar el lugar o la hora, elimina barreras de distancia, tiempo, lenguaje y acceso y disminuye brechas porque aprovecha las grandes iniciativas promovidas por la propia comunidad científica como la ciencia abierta para todos, la e-ciencia que diseña tecnología y recursos digitales, los principios FAIR y las licencias Creative Commons, por mencionar algunos de los más relevantes.
Para algunos grupos de investigación, como el nuestro, la investigación digital constituye la única y principal estrategia de trabajo, para otros, como los biólogos experimentales que trabajan en el laboratorio o los biólogos de campo, la investigación in silico es un complemento, pero en todos los casos está presente, es inconcebible e imposible la biología del siglo XXI sin las computadoras y el Internet.
Los experimentos de información en biología del color que estamos realizando son los siguientes:
- Descripción de la coloración de los seres vivos en Wikidata
- Biocuración de datos semánticos sobre organismos con coloración azul
- Revisiones bibliográficas sobre Biología del color
- Colección de esquemas de colores para Biología
- Lista de especialistas en Ciencia del Color #ColSci
Publicado 6/6/23
Actualizado 27/7/23
Comentarios
Publicar un comentario