La reunión
El 14 de junio de 9:00 a 15:00 horas se realiza el Seminario de Integrantes del C3 en el que presentaremos temas y proyectos de investigación del personal adscrito, estudiantes, investigadores asociados y colaboradores que forman la comunidad del C3. La idea es que en unas horas tengamos un panorama general de toda la investigación que realiza la comunidad del C3 para conocernos y establecer futuros apoyos y colaboraciones. Comparto a continuación el programa del evento y las transmisiones por video en youtube. Fue un evento muy bien organizado e interesante.
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Mi presentación
Soy bióloga y encabezo el Laboratorio Virtual de BIOinformación de la Facultad de Ciencias de la UNAM, es un grupo interesado en promover la investigación digital en Biociencias, estamos interesados en promover el uso de la información digital, los procesos informáticos y las herramientas electrónicas abiertas e interoperables para ciencias. Trabajamos siempre en formato virtual y permanentemente mediado por tecnología. Actualmente estamos inmersos en proyectos sobre Biodatos, Biologymetrics, Información que salva y Biocolores, hablaré de este último.
El proyecto BIOcolores consiste en un experimento in silico para investigar los datos, la literatura, la información y el conocimiento especializados, disponibles en la Web sobre la biología de la coloración y la visión del color en todas sus dimensiones y en los distintos niveles de complejidad. Nuestro objetivo es identificar las mejores maneras de generar, procesar, visualizar y compartir información en biociencias para obtener nuevo conocimiento abierto, estructurado y con significado, implementando herramientas informáticas de vanguardia como los datos ligados, la web semántica, las ontologías, la minería, los grandes datos, el análisis de redes y la cienciometría.
Una de las tecnologías semánticas que estamos implementando es la base de datos Wikidata en el que generamos declaraciones mediante biocuración de datos disponibles en fuentes especializadas de la Web en formato RDF sobre las distintas variables asociadas a la coloración y los patrones de color en los organismos como color, patrón del color, origen y función del color, sexo, etapa del ciclo de vida, parte, tejidos, células y pigmentos, habitat, distribición y taxón, por mencionar las más importantes. Con este conjunto de datos diseñamos consultas en SPARQL para generar análisis y visualizaciones que permitan generar nuevo conocimiento biológico.
En la figura pueden ver algunos ejemplos de las descripción semántica de la coloración en colibríes y felinos, también lo hacemos para orugas y adultos de mariposas, peces de arrecife de coral, organismos bioluminiscentes y aposemáticos y, organismos de color azul y pigmentos de flores.
Este proyecto integra distintas dimensiones y dominios disciplinares para investigar la compleja información que se genera, procesa y comparte en biociencias, se centra en entender los datos, la literatura, la información, los procesos y las herramientas informáticas para analizarlos y visualizarlos, participan en el proyecto biólogos, matemáticos y computólogos. La investigación biológica implica distintas aproximaciones, métodos, técnicas y enfoques, estudiar la información biológica es es una buena manera de estudiar cada uno de estos elementos.
Los invito a adoptar y promover el formato virtual en la academia para aprovechar todo su potencial en especial los entornos abiertos, públicos, colaborativos y para todos. Además, nos proponemos que todas las herramientas de vanguardia que se usan en la investigación en biociencias las podamos aplicar para investigar y enseñar en la Facultad de Ciencias de la UNAM.
https://www.youtube.com/live/VR47At9iUbY?feature=share&t=4851
Mis preguntas
Biocine: ¿El equivalente la experiencia de asistir a un cine que en la realidad virtual? ¿Cuáles son las similitudes y diferencias?
Cognición sensorial: ¿Es una revisión sistemática de literatura?
Colaboraciones que pueden ser interesantes para BIOinformación
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