BIOgarabatos

La investigación digital se centra en el uso de datos, la literatura, la información y las colecciones que la las contienen, así como en los procesos, los procedimiento y los recursos electrónicos involucrados,  integran la ciencia, la tecnología y la información. Las actividades principales que se realizan en un proyecto de investigación digital, son similares a las que se hacen en cualquier otro tipo de investigación, con la particularidad de que, en este caso, todo el proceso se hace a través de Internet y utilizando únicamente herramientas digitales. Las 10 fases que componen el procedimiento, constituyen un ciclo, en el que se van generando nuevas preguntas. Leer Concebir ideas Definir el proyecto Diseñar preguntas Recuperar información  Curar el conjunto de datos Analizar Contextualizar e integrar Discutir Publicar Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/54351339#page/223/mode/1up:~:text=https%3A//www.biodiversitylibrary.org/page/54351365

La ciencia en la vida real es igual que cualquier otra actividad humana, pasa de todo, enfrentarse a esa realidad es complicado, en especial, si no provienes de una familia de científicos y eres el primero de tu familia que lo ha conseguido. Yo siempre les comparto a mis estudiantes canales de información que les permite saber sobre los detalles, buenos y malos, del funcionamiento de la ciencia actual. https://retractionwatch.com/ https://scienceintegritydigest.com/about/ https://cyber.harvard.edu/~psuber/wiki/Peter_Suber ,  https://fediscience.org/@petersuber Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/42199006

Siempre he dicho que usar la información digital y procesarla por medio de  informática es un super poder, cada vez que surfeo en la Web encuentro información nueva, interesante y divertida disponible para resolver problemas; a diario, aparecen tecnologías innovadoras, muchas de ellas amigables disponibles para todos. Hoy más que nunca las barreras y los privilegios se desvanecen, es posibles ser autodidacta, independiente y colaborar. La era digital ha abierto as posibilidades de desarrollo profesional hay muchas y diversas opciones, la red tiene recursos ilimitados para aprender y actualizarse.   Plataformas de cursos libres para todos https://www.pruebate.unam.mx:8181/pruebate/faces/index.xhtml https://mooc.cuaieed.unam.mx/ https://www.coursera.org/unam https://fundacioncarlosslim.org/educacion-2/ https://aprende.gob.mx/ Ciencia https://undsci.berkeley.edu/ Cursos para aprender a aprender https://www.coursera.org/learn/aprendo https://www.coursera.org/learn/colabora ht...

Para investigar es necesario realizar aprendizaje continuo, entrenamiento en áreas afines y mantenerse actualizado, aquí hay algunas ideas para hacerlo en temas de interés para Bioinformación.  https://learn.nlm.nih.gov/documentation/training-packets/T0042010P/ https://www.ebi.ac.uk/training/ https://opensciencemooc.eu/ https://www.biocuration.org/dissemination/biocuration-training-materials/ https://www.python.org/about/gettingstarted/ Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/52221797

 La falta de información clara, transparente y accesible, disponible para todos es un indicador de que algo está mal, esto puede deberse a una o varias razones: Falta de presupuesto Recursos institucionales y humanos limitados Carencia de protocolos de manejo de información Falta de interés de las autoridades Cualquiera de ellas, nunca justifica el hecho de que exista una transgresión al derecho a la información, especialmente la pública. La inexistencia de  información de calidad, actualizada y disponible en la Web es un problema serio en nuestra región, esto los sufrimos constantemente. Debemos pugnar por construir una ciudadania informada, que entienda la importancia de la información y lo estratégico que es saber utilizarla. Fuente de la imagen: https://www.biodiversitylibrary.org/page/33079899

En 1867, Darwin le escribió a Wallace y le hizo la siguiente pregunta: "¿Por qué las orugas a veces tienen colores tan hermosos y artísticos?" El papel de Wallace en la historia de la biología evolutiva fue inmenso y duradero, su contribución que jugó en la Biología del color es protagónico, en este ejercicio de indagación electrónica con documentos virtuales aprenderemos de manera activa utilizando la metodología de investigación científica para identificar el origen desarrollo e impacto de sus aportes a esta área de investigación Alfred Russel Wallace es uno de los autores favoritos de los Biólogos, su historia es interesante y sus contribuciones importantes, nos gusta porque a la par de Darwin nos ha inspirado y ha sido el protagonista de grandes historia entretenidas que nos hacen pensar y hacernos preguntas, lo estudiamos con detalle pero nunca terminamos, hay tanto que entender! El color en Wallace Organizar y categorizar señales visuales no es un esfuerzo nuevo, en L...

La investigación digital se centra en el uso de datos, la literatura, la información y las colecciones que la las contienen, así como en los procesos, los procedimiento y los recursos electrónicos involucrados,  integran la ciencia, la tecnología y la información. Las actividades principales que se realizan en un proyecto de investigación digital, son similares a las que se hacen en cualquier otro tipo de investigación, con la particularidad de que, en este caso, todo el proceso se hace a través de Internet y utilizando únicamente herramientas digitales. El procedimiento constituye un ciclo conformado por varias etapas, en el que se van generando nuevas preguntas y se va afinando el procedimiento. Leer Concebir ideas Definir el proyecto Diseñar preguntas Recuperar información  Curar el conjunto de datos Analizar Contextualizar e integrar Discutir Publicar Fuente d ela imagen:  https://www.wikiart.org/en/wassily-kandinsky/dominant-curve-1936

Actualmente el proceso de lectura de libros es muy versátil resultado de el abanico de posibilidades de formatos del texto como html, ebook, pdf y audiolibro. Yo prefiero para la literatura los audiolibros y para investigación digital la versión HTML en la que puedo interactuar con el documento de manera dinámica y en tiempo real. Combinar ambos formatos me encanta, escuchar e interactuar, de esta manera puedo hacer anotaciones, explorar imágenes y navegar por las referencias. Fuente de la imagen: https://www.biodiversitylibrary.org/page/33812712#page/319/mode/1up

Colores en colibríes y Wikidata  Minerva María Romero Pérez y Layla Michán Aguirre La biología del siglo XXI está basada en datos, los biodatos comúnmente se generan y procesan en formato digital a través de la Web, de tal manera que, resulta factible localizarlos y reusarlos para hacer investigación. A nosotros nos interesa estudiar cuáles son los diferentes formatos en los que la información biológica especializada puede ser usada y aprovechada de mejor manera. Las especies de la familia Trochilidae, conocidas comúnmente como colibríes, son aves endémicas de América y representativas de la cultura de México. Se caracterizan por ser organismos pequeños, por tener un vuelo batido de gran velocidad y por sus picos largos que utilizan para polinizar las flores y alimentarse, lo cual hace fácil su identificación. Presentan colores llamativos obtenidos a través de pigmentos y colores estructurales. El dimorfismo sexual presente en los colibríes es visible en su coloración.  Una he...

 La fundación Wikimedia Wikipedia es el proyecto más famoso de la fundación Wikimedia, pero todos los proyectos hermanos son muy interesantes que ofrecen una gran cantidad de recursos, algunos asociados a las entradas de la enciclopedía que son poco conocidos, que vale la pena conocer y utilizar porque son muy útiles y versátiles. Este es un breve un ejercicio que consiste en utilizar las diversas plataformas de Wikimedia para el proyecto Biocolores, que consiste en hacer experimentos de bioinformación de coloración y la visión del color desde la biología para hacer investigación digital. Los  dieciocho proyectos Wikimedia están relacionados, intercambian información, comparten herramientas, conforman un ecosistema virtual que tienen en común ser wikis que permiten leer, editar y buscar, todas son abiertas, colaborativas y políglotas, que ademas usan citas, referencias y datos ligados. Todas las iniciativas de la fundación Wikimedia  pueden clasificar con base en varios ...

Las mariposas son los insectos más coloridos, son un grupo de insectos diverso y carismático que se cree que se diversificó a través de la coevolución con las plantas y en respuesta a las dispersiones que siguieron a eventos geológicos clave (1). Durante su ciclo de vida no solo cambian de forma, también de coloración, sobre todo para protegerse de los depredadores, y como imago para llamar la atención de las parejas. Su coloración es producto de la interacción de pigmentos y la coloración estructural producto de nanoestructuras que son resultado de la genética, el ambiente y el comportamiento.  Los diseños del color de las alas están asociados a la venación que se puede rastrear a partir del pan estructural. El plano estructural de Nynfalide (NGP) ha demostrado ser extraordinariamente útil en el estudio de los patrones de color de las mariposas porque permite la identificación de elementos homólogos entre especies. Este modelo proporciona un marco integral para comprender cómo se ...

Existen distintas fuentes de información para realizar investigación digital sobre la coloración en los seres vivos, en todos los casos, de manera directa o o directa, la información se origina percibiendo visualmente al organismo. En la Web hay gran diversidad de  colecciones con información son imágenes que son útiles para indagar sobre la coloración en los seres vivos, veamos algunas: Observaciones en el campo Inaturalist Vikimedia Commons E-bird Colecciones biológicas digitalizadas (Museómica) Bases de datos biológicas Bases de datos bibliográficas BHL Los metadatos que se deben extraer sobre biología del color son las siguientes: URL de la imagen Taxón Referencia de la fuente Técnica usada para realizar la imagen: fotografía, video, dibujo Autor Créditos Coloración Patrones de coloración Esquema de color de referencia Bibliografía https://forum.inaturalist.org/t/published-papers-that-use-inaturalist-data-wiki-2-2020-and-2021/20913?u=neontetraploid https://onlinelibrary.wiley.c...

Mi tarea cotidiana se centra en descubrir información  en línea que comúnmente versa sobre los temas de ciencia, biociencias, metaciencia, informática, información, análisis métricos, semántica, Wikidata y sobre biología del color que posteriormente deberé seleccionar, validar, curar, estructurar, clasificar y enriquecer,  procesar, analizar, contextualizar y compartir. La primera etapa de este procedimiento siempre consiste en descubrir información en la Web interesante, especializada, de calidad y actual. Para acceder a las novedades utilizó cuatro siguientes fuentes principales de información:  Dos redes sociales, Twitter y Mastodon, cada vez uso menos la primera y en poco tiempo me quedaré solamente con Mastodon. Google Scholar  Bases de datos como PubMed, Semantic Scholar y Lens Mi canal de RSS en FreshRSS Una vez identificada la información de interés obtenida a través mis fuentes, empiezo el proceso de  curación de contenidos digitales que generalmente c...

Son los documentos que contienen todas las características deseables o no de un documento que sirve para responder una pregunta. Su función es ejemplificar con detalle los documentos que se usarán en un proceso de manejo de literatura y resultan muy útiles para entender el uso de los términos en los documentos y generar la lista de los términos de búsqueda que se usarán para la recuperación de información. En biología utilizamos mucho las especies tipo o los  tipos nomenclaturales que son los ejemplares que se utilizan como referencia para identificar y determinar los taxones.  Yo me refiero a documentos tipo haciendo alusión al ejemplo anterior, y son los documentos que contienen todas las características deseables, o no deseables, de un documento que será incluido en una investigación. que servirán como muestra para rastrear el uso de términos en el lenguaje natural. Su función es la de ejemplificar con detalle todas las características y detalles de los documentos que se i...

Los proyectos Wikimedia son muy útiles en la enseñanza porque combinan el desarrollo de habilidades tecnológicas, científicas y personales a través de la colaboración, el uso de plataformas y procesamiento de información. Nosotros la utilizamos especialmente en los siguientes casos 1) Introducir a los estudiantes en las bases de datos biológicas,  2) explicar el funcionamiento general de Wikipedia, Wikidata y Wikimedia Commons para encontrar y generar información sobre bases de datos biológicas,  3) El wikiproyecto bases de datos biológicas ( https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Bases_de_Datos_Biociencias ) y editar las bases de datos biológicas en Wikidata 4) Usar las consultas de SPARQL para procesar y visualizar información sobre biobases de datos.  Este proyecto permite utilizar las bases de datos biológicas para enseñar a los estudiantes el uso de Wikidata, explicar los datos ligados y la Web semántica, los formatos RDF y JSON, las consultas SPARQL y las herramient...

 Una de las herramientas informáticas más usadas por los biólogos son las bases de datos biológicas, que pueden clasificarse en dos grandes tipos, las que tienen bibliografía y las que registran información biológica propiamente como especies, genes, proteínas, virus, enfermedades.  Hemos estado trabajando en el proyecto BIOdatabases, que consiste en reunir las bases de datos de biociencias para hacer investigación, con la finalidad de saber cuáles permanecen están activas y qué tipo de información reúnen. Las bases de datos están marcadas en hypothes.is y se curan también en Wikidata. Hemos reunidos miles de bases de datos de interés para las biociencias. Actualmente estamos realizando un experimento informático que consiste en identificar todas aquellas bases de datos que podamos utilizar para el el proyecto BIOcolores, esto es, que sean de utilidad para procesar información sobre biología del color o visión del color, veamos esto con mas detalles.  En principio, serían...

Estos son ejemplos de las distintas maneras que se puede usar Wikidata con fines académicos. Registrar conjuntos de datos :  https://faircookbook.elixir-europe.org/content/recipes/findability/registeringDatasets.html Agregar ORCID :  https://www.semanticscholar.org/paper/ORCID-for-Wikidata.-Data-enrichment-for-Seidlmayer-Vo%C3%9F/de915ce50c88677d3b7cbe761b9ee88387926a65 Realizar análisis cienciométricos con Scholia :  https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-70407-4_36 Curar bibliografía : https://www.memoria.fahce.unlp.edu.ar/trab_eventos/ev.15702/ev.15702.pdf Encontrar investigadores con cuentas de mastodon :  https://chem-bla-ics.blogspot.com/2022/11/finding-mastodon-accounts-with-wikidata.html Generar bases de datos en biociencias :  https://zenodo.org/record/7085061 Registrar recolectores de especímenes biológicos : https://es.bionomia.net/how-it-works Fuente de la imagen:  https://www.wikiart.org/en/victor-vasarely/torony-nagy-1969

 Las estructuras de las plantas que presentan colores interesantes para la biología del color son las flores, los frutos y las semillas.  Las flores son las partes de las plantas más coloridas, después le siguen los frutos. Las flores obtienen el color de distintos pigmentos y en algunos casos también presentan color estructural que potencia la coloración y la hace mas brillante, estas partes vegetales son ampliamente estudiadas respecto al color en las relaciones planta polinizador desde un punto de vista ecológico, evolutivo y genético.  También es importante el enfoque bioquímico y celular de los principales pigmentos que las colorean como los flavonoides y carotenoides. Además los estudios genéticos sobre los polimorfismos también son frecuentes e interesantes.  Algunos de los modelos de flores más usados en la investigación del color son las iris, las dalias, las rosas, los geranios y las orquídeas. Las plantas con flores surgieron en el período Cretácico, coev...

Programas de TV Los programas de televisión son una formato interesante de comunicar y divulgar la ciencia, generalmente con unos 30-50 minutos de duración, con ayuda de un conductor, con la participación de colegas y al rededor de un tema central, se conversa sobre los elementos más relevantes de algún tópico científico para involucrar y explicar a los espectadores activamente con base en preguntas, cápsulas y comentarios. Estos son los programas de televisión en los que he participado.

Las citas son el hilo conductor del conocimiento en la ciencia, son las que registran los antecedentes y los consecuentes de las ideas utilizadas, determinan el detalle del flujo de la información obtenida de la literatura y archivan la historia de las fuentes utilizadas. En la literatura científica las citas se insertan en los párrafos de dos formas: cita textual (va entre comillas) o cita parafraseada, es una forma de relacionar un documento con otro, el procedimiento es el siguiente: el autor en el documento citante cita al documento citado y se agrega la referencia correspondiente. Hay distintas razones para citar una obra por ejemplo, confirmar, rechazar o cuestionar ( ver presentación ). Es común explorar las referencias de un documento y contar la cantidad de citas que recibe o ubicar los documentos relacionados con base en la cocitación. El análisis de citas es un método de investigación cuantitativa propio para describir la evolución, la estructura y los patrones de las discip...

Estamos en el proceso de construir un nuevo plan de estudios de la Carrera de Biología en la UNAM y estas son mis ideas al respecto. Debiera centrarse en lo que necesitan aprender los alumnos, no en lo que podemos enseñar los maestros. Tendría que privilegiar las habilidades y las competencias, no en los contenidos, como hasta ahora.  Es necesario diseñar un plan moderno, innovador, acorde al momento que estamos viviendo. Tenemos que formar biólogos que se inserten en la cadena productiva, que cumplan con su responsabilidad social y que tengan un papel sobresaliente en su entorno, la industria, la innovación y la investigación, si el enfoque sigue siendo enciclopédico, en lugar de centrarse en, enseñar a hacer, pensar críticamente, discutir ideas, escribir y  argumentar. Propongo que el núcleo sea experimentar, usar equipos y seguir protocolos, registrar resultados, leer y discutir artículos, escribir documentos especializados, generar proyectos, solucionar problemas reales, i...

SPARQL en Wikidata para BIOcolores Una vez curada la información sobre la descripción del color de los organismos en Wikidata sigue realizar las consultas en SPARQL SPARQL (SPARQL Protocol and RDF Query Language) es un lenguaje de consulta diseñado para la recuperación y manipulación de datos almacenados en formato RDF (Resource Description Framework), que es utilizado en la web semántica para representar información estructurada de manera que las máquinas puedan entenderla. SPARQL se utiliza comúnmente para consultar y extraer datos de fuentes de datos RDF, incluyendo bases de datos y grafos de conocimiento como Wikidata. SPARQL permite realizar consultas sofisticadas para recuperar información específica de Wikidata de una manera estructurada y precisa. Ligas útiles Estos son algunos de los enlaces útiles para aprender a construir consultas en Wikidata https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:SPARQL_query_service/queries/examples https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:SPARQL_tutorial h...

Proyecto Biocolores consiste en un experimento de investigación digital. Parte de ese experimento implica utilizar las plataformas colaborativas y abiertas de la fundación Wikimedia. El primer acercamiento que tienen los usuarios de internet a la información científica es la que aparece en Wikipedia por medio de las cajas resultado de la búsqueda en Google que se despliegan de Wikidata, de tal manera que, es indispensable que la información sobre temas científicos contenida en Wikipedia sea de calidad, verificada, actualizada, referenciada y escrita en un lenguaje claro y sencillo. Nuestra propuesta consiste en implementar los servicios de la Fundación Wikimedia en la edición de contenidos y curación información digital sobre el biología del color, con propósito de utilizar y difundir el uso de estas plataformas para la investigación y la enseñanza virtual que integre los dominios de ciencia, la tecnología  y la información para promover las siguientes competencias informáticas e i...

Escribir es una de las competencias indispensables para la investigación digital, generar textos claros y coherentes es un habito que se debe fomentar. Para lograrlo hay que planear el escrito y estructurar las oraciones, frases y párrafos acuciosamente usando las palabras adecuadas y los conectores pertinentes, una buena forma de empezar es escribiendo ensayos. Escribir mejor https://jlsoberanisg.files.wordpress.com/2015/09/martin_vivaldi_gonzalo_-_curso_de_redaccion.pdf https://uapa.cuaieed.unam.mx/node/503 https://uapa.cuaieed.unam.mx/node/506 http://132.248.48.64/repositorio/moodle/pluginfile.php/1454/mod_resource/content/1/contenido/index.html https://uapa.cuaieed.unam.mx/sites/default/files/minisite/static/826868cc-30c0-429e-9524-af427406bea8/contenido/index.html https://uapa.cuaieed.unam.mx/node/1027 http://www.economia.unam.mx/miguelc/docs/ensayo-especialidad.pdf https://portalacademico.cch.unam.mx/alumno/tlriid3/unidad2/argumentarPersuadir/ensayo https://argumente.cuaieed.unam...