Colores en colibríes y Wikidata
Minerva María Romero Pérez y Layla Michán Aguirre
La biología del siglo XXI está basada en datos, los biodatos comúnmente se generan y procesan en formato digital a través de la Web, de tal manera que, resulta factible localizarlos y reusarlos para hacer investigación. A nosotros nos interesa estudiar cuáles son los diferentes formatos en los que la información biológica especializada puede ser usada y aprovechada de mejor manera.
Las especies de la familia Trochilidae, conocidas comúnmente como colibríes, son aves endémicas de América y representativas de la cultura de México. Se caracterizan por ser organismos pequeños, por tener un vuelo batido de gran velocidad y por sus picos largos que utilizan para polinizar las flores y alimentarse, lo cual hace fácil su identificación. Presentan colores llamativos obtenidos a través de pigmentos y colores estructurales. El dimorfismo sexual presente en los colibríes es visible en su coloración.
Una herramienta útil para procesar información biológica es Wikidata, consiste en una base de datos abierta y alojada por la Fundación Wikimedia, que además es colaborativa, multilingüe, semántica y gratuita. Los datos se relacionan semánticamente por medio de tripletes usando el lenguaje RDF que se agregan mediante declaraciones estructuradas en donde se usan elementos, propiedades y valores. Los datos generados se pueden consultar y visualizar mediante mapas de conocimiento con ayuda de SPARQL, un lenguaje de programación en formato RDF.
En el Laboratorio de Bioinformación trabajamos en un proyecto que tiene como objetivo describir los colores de la topografía externa de los colibríes utilizando la plataforma Wikidata para obtener nuevo conocimiento biológico in silico. Este trabajo lo realizamos en tres etapas: primero, extrajimos la información de la coloración de las especies de México del libro de Coro Arizmendi et al., (2014), segundo, consideramos las características distintivas entre el macho y la hembra, tercero, describimos en Wikidata los elementos de las especies de colibríes de México, para esta etapa nos centramos en describir las partes: gorguera, nuca, corona, pecho, plumas de la cola, plumas de las alas, pico, costado, cresta y rabadilla y utilizamos las propiedades: estructura del cuerpo del ave, color, sexo y características de color y forma.
El proyecto lo realizamos seis curadoras en la base de datos semántica, para representar la topografía y el color de 57 especies de colibríes de México, utilizando 19 elementos y cuatro propiedades. En estas descripciones utilizamos 43 colores, 17 especies de colibríes presentaron iridiscencias y el color más usado para describir fue el verde.
Wikidata impulsa la ciencia abierta con información estructurada, facilita el desarrollo de conocimiento y nos permite responder preguntas biológicas a través de la generación de mapas de información sobre biología del color utilizando SPARQL generando consultas de interés. Con estas herramientas podemos visualizar, exportar y reutilizar la información generando datos abiertos y disponibles en la Web. Finalmente, la investigación in silico que se puede realizar mediante la plataforma, puede ser utilizada en la enseñanza, ya que nos ayuda a que los alumnos obtengan nuevas habilidades digitales y fomenta el trabajo multidisciplinario.
Fuente de la imagen: https://www.biodiversitylibrary.org/page/33812700#page/307/mode/1up
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