BIOgarabatos

 No todo fueron malas noticias durante la pandemia de COVIID-19, yo disfruté al máximo tener información inmediata, precisa y de calidad durante la pandemia, muchos se volcaron en consultar, distribuir y mantener información de calidad sobre la pandemia, la enfermedad y el nuevo virus. Fueron muchos los tableros, hubs y plataformas con información actualizada que consultaba a diario y que me permitieron saciar mis ansia de información, aquí algunas de mis preferidas: https://es.wikipedia.org/wiki/COVID-19 https://nextstrain.org/ h ttps://covid19-science.primer.ai/5322aaf6-974b-46da-92e0-ac0a0f754a21 https://github.com/nicholasmfraser/covid19_preprints https://ourworldindata.org/coronavirus https://www.nytimes.com/interactive/2021/world/covid-cases.html https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/global-research-on-novel-coronavirus-2019-ncov https://www.cdc.gov/library/researchguides/2019novelcoronavirus/databasesjournals.html https://search.bvsalud.org/global-liter

Wikidata es una plataforma libre, multilingue, interoperable, semántica y colaborativa de la fundación Wikimedia que facilita la creación, el almacenamiento y la disponibilidad de datos estructurados y enlazados para una amplia gama de aplicaciones y usos. Wikidata es una base de datos abierta y editable que almacena y proporciona acceso a una amplia variedad de datos estructurados y enlazados sobre una multitud de temas. Su objetivo principal es servir como una fuente de información y conocimiento accesible para personas, proyectos y aplicaciones en línea en todo el mundo. Aquí hay varios propósitos y usos para los cuales Wikidata es valioso: 1. **Almacenamiento de datos:** Wikidata almacena datos estructurados sobre una amplia gama de temas, desde personas y lugares hasta obras de arte y conceptos científicos. Esto permite la organización y centralización de información diversa. 2. **Enlace de datos:** Wikidata utiliza identificadores únicos para enlazar datos relacionados en diferen

 Seminarios Seminario Rafael Martín del Campo:  https://www.facebook.com/seminariozooloogia/?locale=es_LA Clubs le lectura Leer en grupo, discutir ideas, compartir impresiones y diseccionar el contenido de un texto es una excelente manera de hacer lectura grupal, aprender y escuchar otras interpretaciones. Con la llegada del Internet y la adopción de la virtualidad es posible asistir a una gran cantidad de círculos de lectura el línea, tanto de literatura general como académica, aquí les dejo algunos de los que sigo: Generales Círculo de Lectura Acatlán:  ://aca.bibliotecas.unam.mx/index.php/informacion/116-circulo-de-lectura-en-linea https://cdijum.mx/club-de-lectura-virtual/ Académicos https://sites.google.com/view/bbtreadingclub/home https://reproducibilitea.org/ Bibliografía https://irp.nih.gov/blog/post/2015/03/5-tips-for-journal-club-first-timers https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004526 Fuente de la imagen:  https://botsin.space/@pomological/

No es común que en las BIOciencias se recupere información en español, generalmente las búsquedas se hacen en inglés y en bases de datos que privilegian este idioma, pero existe una rica investigación en español publicada en revistas de calidad en su inmensa mayoría en acceso abierto (diamante) e indexada en descubridores amigables, veamos algunos que vale la pena consultar constantemente y nutrir con nuestras publicaciones para leer y disfrutar en la riqueza de nuestro idioma castellano. Dialnet Scielo REDALyC Biblioteca virtual en Salud

Los modelos digitales en tercera dimensión (3D) disponibles en la Web que se hacen para investigación enseñanza y difusión en Biociencias son realmente útiles y atractivos, permiten ilustrar fácilmente entidades y procesos biológicos en vivo y a todo color de manera interactiva, me encanta verlos y me parece muy interesante agregarlos como recurso didáctico en las clases.  Existen una gran cantidad de plataformas encargadas de realizar modelos biológicos en tercera dimensión de los distintos niveles de organización biológica. Además hay un buen número de publicaciones sobre este tema en la literatura académica.  Me parece muy útil reunir fuentes, modelos y literatura sobre este tema que pudiera servir para inspirar a los profesores a usarlos, a los estudiantes consultarlos a algún curioso hacer una investigación sobre este tema que pudiera ser singular y relevante, y responder preguntas como las siguientes ¿Cómo ha contribuido la tecnología 3D a la investigación biológica? ¿Cuáles son

Tesis de maestría Roberto Santos Solórzano. Maestría MADEMS Biología. Protocolo para la recuperación de literatura científica digital para estudiantes de biología en el bachillerato de la UNAM. En proceso. Ixchel Vanesa Chávez Guerrero. Número de cuenta: 302140695. Maestría MADEMS Biología. Tesis: Aprendizaje por indagación digital: competencias y recursos para desarrollar el tema de evolución en el CCH. En proceso. Tesis de Licenciatura González Marín Delia. Número de cuenta 301089133. Obtención de grado de licenciatura. Tesis: Curación de contenidos para enseñanza de la Biología del Color. Directora: Layla Michán Aguirre. Facultad de Ciencias, UNAM Carrera de Biología. En proceso. Servicio Social   Adrián Conde Perea . Número de cuenta: 313172894. Servicio Social. Directora: Layla Michán Aguirre. Facultad de Ciencias, UNAM Carrera de Matemáticas. Análisis y visualización de datos para bioinformación. 01 de febrero de 2022 - 20 de septiembre de 2022. Concluido. Probatorios: https://h

Todo el tiempo estoy monitoreando información sobre los proyectos que trabajo, biología del color, biodatos, bases de datos biológicas, etc, invariablemente encuentro publicadas en mis fuentes mensajes sobre actitudes tóxicas en la academia, a veces algunas francamente inverosímiles, pero todas interesantes. Muchas son parte de etiquetas o grupos que conversan sobre temas académicos y de metaciencia como  https://a.gup.pe/u/academicchatter ,  https://mstdn.social/tags/academia ,  https://mstdn.social/tags/phdchat Actualmente en la academia y en la ciencia es fácil conocer cuáles son las actitudes tóxicas en nuestro entorno podemos saberlo a través de las redes sociales yo comúnmente sigo cuentas y etiquetas en redes sociales como Twitter cada vez menos y Mastodon cada vez más para saber cuáles son los temas en boga los puntos débiles a los cuales me debo de los cuales debo estar alerta para cuidarme de ellos y para evitar repetirlos de esas actitudes tóxicas las identifico en mi entorn

  Manejar la información académica institucional es todo un reto, porque para que sea aprovechable debe ser interoperable, normalizada y versátil, pues debe cumplir una gran cantidad de propósitos: alimentar informes, generar curriculums vitae, producir indicadores, facilitar las evaluaciones y fomentar las buenas prácticas a nivel internacional. Esta información ademas, es útil para generar planes, estrategias, gestión, comunicación y difusión científica. El Departamento de Biología Comparada de la Facultad de Ciencias de la UNAM Existen una gran diversidad de plataformas disponibles que ofrecen especificaciones como el DOI, ORCID y GRID, Scopus Id,  plataformas como Bionomia, Google Scholar, Wikipedia y Wikidata, así como innumerables bases de datos bibliográficas que facilitan procesar la producción científica y generar indicadores cienciométricos. También están los repositorios, descubridores y agregadores que reúnen mucha de esta información. En varios países y regiones se han gen

 Una de las modalidades de lectura que más me convencen son los audiolibros, me gusta escuchar, me encantan los todos y el ritmo de las palabras, me gusta no tener que utilizar la vista, que tengo ocupada mucha parte del día investigando en la computadora. Descarga cultura UNAM https://descargacultura.unam.mx/ Es una plataforma mantenida por la Universidad Nacional Autónoma de México en la que reúnen archivos de sonido, incluye varios géneros como musica, radionovela, conferencias, para libros están las series que presentan libros principalmente en español, aunque hay en el catálogo  en otros idiomas. Las radionovelas no me gustan porque su performance es muy dramático, pero los libros leídos, en especial lo que están en voz de sus autores son espectaculares. Algunas de mis lecturas escuchadas preferidas son las siguientes: La lectura   Un libro una hora https://cadenaser.com/podcast/cadena-ser/un-libro-una-hora/1251/ Es un programa de la cadena ser que describe un libro o un autor en

 Apenas me entregaron mi diploma y medalla por haber cumplido 20 años en la UNAM, estaba almacenada porque no la pudieron entregar durante la pandemia. Ya suenan muchos años en esta apasionante institución, pero son muchos más porque esta historia empezó en el 88, cuando después de aprobar el examen de admisión (con un gran promedio) ingrese a la ENP 4 en Tacubaya a estudiar la preparatoria a dos cuadras del periférico.  En ese entonces ya sabía que estudiaría Biología, lo decidí desde el primer año de secundaria al oír las clases de la maestra Irene que eran apasionantes, ella ocupó un lugar de honor, junto con mis maestros Andrés e Ivonn  de la secundaria en mi lista de profesores queridos. Ahora soy investigadora, dirijo un laboratorio y me encanta lo que hago, no puedo ser más afortunada, gracias  UNAM!

Mi mamá usaba mucho refranes, los oía de su papa, que los escucho de mis abuelos, que los decían mis bisabuelos, por eso me encantan, pues oigo la historia oral y de las ideas en tiempo real. Lo que me encanta es que siempre hay un refrán contrario, lo que dice uno lo refuta inmediatamente otro, pero así es la vida, nada está dicho. Las plataformas digitales facilitan mucho acceder a refranes en español, aquí una lista de fuentes para consultarlos. https://cvc.cervantes.es/lengua/refranero/Default.aspx https://www.cervantesvirtual.com/portales/refranes_dichos_proverbios_citas_adivinanzas/refran/ https://www.academia.org.mx/consultas/obras-de-consulta-en-linea/refranero-mexicano https://es.wikiquote.org/wiki/Refranes_en_espa%C3%B1ol_(N) https://www.uv.es/~serranoj/refranero.htm

 Qué se ha investigado sobre coloración de las mariposas, cuáles son la publicaciones, los especialistas, temas, variables, fenómenos, taxones, métodos, fuentes, colecciones y regiones y enfoques que se han utilizado históricamente?  Cómo se puede usar la información para generar mapas de conocimiento dinámicos, modulares, abiertos, colaborativos y multilingues sobre los estudios de lepidopterología y color Que dimensiones de la información y cuáles herramientas son las más novedosas para responder este tipo de preguntas  Cómo se debe estructurar la información para responder estas preguntas Reunir la literatura Curarla y enriquecerla Procesarla y visualizarla Orugas Para empezar he elegido una muestra de las publicaciones sobre la coloración en las mariposas, las de las orugas. BIOcuración El método que utilizaré inicia con una revisión de literatura, para ello realizare una recuperación de artículos académicos, posteriormente haré la biocuración para extraer, estructurar y dar signif

Para el proyecto de OrugasBIOcolores en el que realizamos investigación y estudiamos la BIOinformación sobre el color en las orugas  buscamos artículos relevantes sobre el tema y reunimos conjuntos de datos interesantes para estudiarlos, procesarlos y experimentar con ellos. El artículo más reciente sobre el tema es de Robinson et. al ., 2023  y resultó muy interesante para estudiar la bioinformación por las siguientes razones: Está publicado en una revista de prestigio y está disponible en acceso abierto El objeto de estudio son las orugas y su enfoque es ecológico Como lo dictan las buenas prácticas en ciencia abierta el artículo contiene el conjunto de datos utilizado para la investigación depositado en un r epositorio de prestigio  y que cumple con los principios FAIR , está disponible en línea y es abierto y reusable para poder replicarse El conjunto de datos consta de un numeroso conjunto de orugas y contiene variables relevantes para biología del color: colores y cinco patrones

Una de las herramientas que más utilizo para manejar mi información son los RSS porque constituyen una tecnología amigable, simple eficiente e inmediata. Con este recurso puede obtener en tiempo real mediante archivos XML y un lector de feeds  en un solo lugar información sobre distintas fuentes. Adelante escribiré algunos tips y detalles respecto a cómo los uso. Dentro de todos los recursos de la Web 2.0 , son de los más innovadores y útiles los agregadores; en especial, los RSS (Really Simple Syndication) responsables de automatizar la inmediatez, que se refiere a enterarse en el instante mismo en el que se ha publicado algún cambio o noticia en una página web (usualmente blog) al que se está suscrito mediante la distribución de contenidos categorizados que alimentan automáticamente a otros sitios y programas lectores (readers). Estas herramientas ayudan a conectar a los usuarios con aquellas fuentes que son de su interés y mantenerse actualizados sin necesidad de saturar el correo

 Actualmente estoy trabajando con BIOinformación sobre el color en las orugas, los Lepidopteros son organismos con coloración estructural y pigmentaria que lucen tonos y patrones de color impresionantes, diversos y variados, tiene dimorfismo sexual, cambian de color durante su ciclo de vida y son modelo muy estudiado desde la etología, ecología, genética, y evolución, por mencionar los más comunes. Hace unos días realizamos una visita a la colección de mariposas de l Museo de zoología de la Facultad de ciencias de la UNAM y nos dijeron que no tienen orugas, quedó pendiente preguntar por qué razón no las recolectan, supongo que es dificil conservarlas, cuándo tenga la solución a esta interrogante, seguramente la compartiré por este medio. Por todas estas razón constituyen un hermoso ejemplo y muy interesante para realizar investigación biológica digital in silico , vamos allá. El objetivo es describir la información detallada sobre el color en el ciclo de vida de las mariposas, ya hemos

 La coloración y los patrones evolucionan  a través del tiempo, los organismos presentan distintos colores durante su ciclo de vida y para describirlos es importante poder asociar una etapa específica del ciclo de vida con la coloración correspondiente. Para esta tarea resulta útil utilizar una ontología (organización estructurada de la información de un dominio de conocimiento estructurada en formato OWL) que permita identificar las distintas etapas del ciclo de vida de un organismo dado.  La ontología Uberon contiene las distintas etapas del ciclo de vida de los animales con definiciones y relaciones categorizadas.

 En la investigación digital es posible generar procesos sofisticados que permiten integrar distintas herramientas y funciones, en muchos casos automatizadas. Un ejemplo interesante es el que hace el SciBot  un bot que reúne información sobre artículos de investigación biocurados por especialistas, explicaré esto con más detalle. Hasta este momento (10 de febrero 2023 a las 8:00 hrs) se han curado 587, 206 registros en hypothes.is h ttps://hypothes.is/users/scibot   Este procedimiento integra el uso de varios recursos de investigación digital: GitHub : un entorno colaborativo para programadores Hypothe.is : un anotador social semántico XML: un lenguaje de marcado Bot: un robot digital que hace tareas automatizadas Python: un lenguaje de programación RRID : una base de datos de con identificadores para recursos de investigación (The Resource Identification Portal) Este proyecto es un gran ejemplo de cómo la simbiosis humano máquina y la colaboración en la era digital permiten procesar g

 Una opción interesante para el trabajo de investigación digital son las salas de estudio virtuales también llamados círculos de estudio, espacios en los que te reúnes y estudias, trabajas, investigas o aprendes desde tu computadora, pero acompañado y colaborando. Puedes interaccionar, intercambiar ideas. Algunas salas de estudio que me parecen interesantes son la de PhDForum Online Study Room Me parece una buena idea y lo he implementado desde hace tiempo porque tiene muchas ventajas que promueven el trabajo en línea y el aprovechamiento del entorno virtual. Para generar grupos de trabajo y estudio he probado las siguientes aplicaciones les platicaré un poco sobre ellas. Jitsy https://meet.jit.si/ abierta, con muchas funciones pero con problemas para la comunicación Meet buena comunicación pero se desconecta después de un rato de estar solo Studyverse https://studyverse.live/  tiene problemas de audio y video Studytogether https://app.studytogether.com sufre problemas de seguridad

Una muy buena forma de aprovechar la Web semántica es por medio de los mapas de conocimiento, es posible realizar mapas de conocimiento colaborativos, abiertos y semáticos y multilingues usando Wikidata. En esta ocasión haremos un mapa de conocimiento basado en bibliografía utilizando una complemento que permite transferir bibliografía entre Zotero y Wikidata denominado Cita .  Una introducción al uso de referencias y citas y zotero se puede ver en el documento  Citas y referencias: como evitar un dolor de cabeza    El aposematismo es una función de la coloración en los organismos que consiste en mostrar colores llamativos asociados a una señal desagradable como un mal sabor, olor, o toxinas. Por otro lado el origen del color en los seres vivos se puede dividir en tres grandes categorías: pigmentos, estructurales o bioluminiscentes, estos últimos son seres que generan una señal luminosa a través de la reacción entre el complejo enzimático luciferina-luciferasa. Nuestro propósito es

 Para manejar información electrónica resultan muy útiles los grupos, un grupo consiste en un entorno en el que todos los participantes se pueden comunicar por correo electrónico y utilizar otras herramientas, en el caso de google se puede conectar a todos los participantes automáticamente para que usen servicios distintos, como Meet para videoconferencias, Drive para gestionar archivos y calendario para eventos. La ventajas de usar un grupo son las siguientes: Cada usuario puede registrar uno o más correos electrónicos con todos puede acceder a la información del grupo. Es fácil agregar y eliminar usuarios Se reúnen en un solo lugar todos los mensajes Utilizando la dirección del correo electrónico del grupo se llaman, relacionan y asignan a todos los miembros del agrupo a servicios como el calendario o drive Se pueden hacer subgrupos Se asignan roles de administración a todos los que deban cumplir ese rol El servicio es fácil y amigable