BIOgarabatos

El proceso de citación y los distintos estilos bibliográficos proporcionaron reglas detalladas para citar diferentes tipos de fuentes, facilitaron la comunicación de la investigación y permitieron la construcción del conocimiento sobre la base del trabajo previo, que es posible rastrear por medio de las citas. Mi gestor de referencias es Zotero , lo utilizo para organizar, almacenar y gestionar mis referencias y citas lo elijo porque es libre, multiplataforma, amigable, actualizado y de código abierto por lo que cuenta con muchas aplicaciones disponibles por lo que resulta versátil y dinámico. Por ejemplo, puedo generar colecciones, etiquetas, hacer notas y leer RSS a través de su plataforma. Tips para usar Zotero nivel experto Entender los metadatos biblbiográficos Usar siempre el DOI para generar los registros bibliográficos de los documentos académicos Conocer los estilos de citación Usar los complementos Curar la biblioteca Utilizar hypothes.is para hacer anotaciones de los artícul...

Las bases de datos son dinámicas, nacen, crecen se desarrollan, reproducen y mueren Sin duda, las herramientas protagónicas de la revolución digital son tres: los dispositivos electrónicos, las computadoras y las bases de datos. Las bases de datos con información sobre biodiversidad son herramientas estratégicas e indispensables para la investigación, enseñanza, comunicación y gestión de la biodiversidad. Palabras clave: bibliometria, revision de literatura, Que, como, cuándo y por que se ha investigado sobre bases de datos de biodiverdidad Plan Dónde: Quiénes: Buscar colaboradores Tania Gerardo Diana Norma Lidia Por qué: No hay un compendio de dbs sobre biodiversidad un buen inicio es obtenerlas de la literatura Qué pasa con las bases de datos. MX muchas bases de datos no documentadas Para qué: Entender lo que se ha hecho Cuándo: Qué es una base de datos, diferencia entre database y dataset Las bases de datos sobre biodiversidad Tipos Problemas Catálogos Proyec...

  Las colecciones biológicas constituyen una de las fuentes de información más importantes en biología pero se enfrentan a varios problemas de BIOinformación. La carencia de condiciones para generar información estructurada, interactiva, robusta, actualizada y de calidad es un gran problema en la Biología. Existen una gran cantidad de colecciones biológicas mexicanas transparentes para el mundo porque carecen de la tecnología y las especificaciones necesarias para estar en el circuito mundial de información sobre biodiversidad conformado por los grandes consorcios. La marginación de estas colecciones es resultado de la falta de cultura digital y tecnológica, limitado presupuesto, personal e infraestructura. Por todas estas razones nos proponemos reunir todas las colecciones digitales con información biológica realizadas por investigadores adscritos a las instituciones mexicanas Documentación del proceso Hice algunas búsquedas sobre colecciones mexicanas Descargué la colección de...

El color es una cualidad muy utilizada para describir entidades biológicas, es muy útil para identificar organismos, es indispensable para determinar taxones, se aplica para establecer el dimorfismo sexual, e incluso es utilizada para definir especies, de tal manera que, es necesario contar con esquemas de color que permitan normalizar la asignación de colores. Los color charts, tablas de colores o guías de coloración con documentos de referencia que contienen listas de nombres, descripción y ejemplos de los tonos de coloración utilizados por los naturalistas y biológos para designarlos a los seres vivos. Nuestro propósito es hacer experimentos con la información para los siguientes objetivos: Localizar todos los esquemas de color utilizados por los naturalistas e interesados en Biociencias Reunir las guías de color en Wikidata Integrar la bibliografía sobre el tema Herramientas Presentación Fuente de la imagen: BHL, Werner, A. G., Syme, P., Blackwood, W., Cadell, T., & Co, J. B. a...

 Uno de los contenidos que me resultan más interesantes de Wikidata es la literatura, alguna de esta literatura es académica, esto es son artículos de investigación, tienen DOI como identificador del objeto y ORCID para identificar a los autores. Para subir este tipo de bibliografía a Wikidata existen distintas alternativas veamos algunas. 1. Scholia . Al buscar un DOI en Scholia si este identificador todavía no existe es posible agregarlo. 2.  Cita . Este complemento de Zotero tiene entre sus funciones generar nuevos registros de literatura, cuando se usa la opción x es posible agregar nuevos registros y sincronizarlos con Zotero para mantenerlos actualizados. 3.  https://bhl2wiki.herokuapp.com/

 En los proyectos de BIOinformación del laboratorio utilizamos mucho Zotero y Wikidata, el primero es un gestor de referencias, de código abierto por lo que incorpora una gran cantidad de funciones creadas por los propios usuarios. Wikidata es la base de datos de internet en la que cualquiera puede gestionar información académica. Un herramienta que facilita el flujo de información entre ambas plataformas es  Cita creada por  Diego de la Hera. Esta herramienta permite identificar los artículos de Zotero que están en Wikidata, y sincronizar las referencias, las citas y generar nuevos elementos para la literatura que todavía no está indexada en Wikidata. Nosotros estamos utilizando este recurso para curar literatura sobre bioluminiscencia y aposematismo  con base en los siguientes pasos: Reunir en Zotero la bibliografía académica sobre aposematismo y bioluminiscencia Instalar el complemento cita  https://github.com/diegodlh/zotero-cita Identificar los artículos d...

Publish or Perish (PoP) un p rograma para procesar registros de varias colecciones bibliográficas y obtener indicadores cienciométricos, muy útil para extraer registros. Es una aplicación de escritorio disponible para todos los sistemas operativos vigentes diseñada por de https://harzing.com/ . No solo es una herramienta útil para obtener indicadores bibliométricos, es un recurso ideal para recuperar literatura en la Web. Me parece muy útil, eficiente y fácil, es una excelente herramienta para la investigación digital, desde que apareció lo uso y lo enseño en mis cursos, todo lo que tiene es muy necesario. Cada vez que necesito recuperar literatura académica la uso, porque reúne las bases de datos bibliográficas más grandes y relevantes en una sola plataforma sencilla que me permite transferir los metadatos entre distintos formatos para poder gestionarlos, analizarlos y utilizarlos. Entre sus ventajas están: Es sencilla su instalación Es fácil su uso Búsqueda en Google Scholar, ...

Hace unos días publiqué la información que existe en Wikipedia y Wikidata sobre los Hospitales de México. Tener organizada en línea y disponible en la Web es estratégica para el cuidado de la salud, por eso ahora nos interesa saber que información de calidad hay disponible en la Web sobre los hospitales de nuestro país. Vamos allá. Primero queremos investigar sobre la información disponible en línea sobre los hospitales, para saber si está completa, es suficiente, es actualizada, para quienes va dirigida, está en formatos adecuados. Además sería intersante determinar cuál información sería relevante para sobrevivir en caso de una emergencia médica, y cuál sería estratégica para cada una de las las especialidades médicas con más impacto y que ponen en peligro la vida más frecuentemente en las salas de urgencias, por ejemplo, el infarto al miocardio, el derrame cerebral y el coma diabético. La idea es descubrir toda la información digital y accesible a través de la Web que sea de utili...

Soy Layla , estudie biología, imparto actualmente dos materias en la Facultad de Ciencias de la UNAM, una es  Filosofía e Historia de la Biología y la otra Ciencia, Tecnología y Sociedad  para las carreras de Biología y Física Biomédica respectivamente. Hoy me invitaron a participar en una entrevista para el 8M en la que deberé responder dos preguntas:  1. ¿ Qué impacto ha tenido la tecnología en tu campo de investigación? Yo hago biociencias con tecnología, estudio los biodatos, la bioliteratura y la bioinformación procesada por medio de computadoras a través de Internet. Estudio la información especializada generada por los investigadores en Ciencias de la Vida sobre entidades, procesos y fenómenos sobre seres vivos y todo lo relacionado con ellos, concico con la tecnología diariamente, me encanta la velocidad a la que progresa, disfruta el cambio y la inmediatez, adoro el ritmo de esta área vertiginosa que se transforma y produce innovaciones inimaginables siempre hay...

 El proyecto BIOcolores consiste en un experimento in silico para investigar los datos, la literatura, la información y el conocimiento especializados disponibles en la Web sobre la biología y la visión del color en todas sus dimensiones y en los distintos niveles de complejidad. Nuestro objetivo es identificar las mejores maneras de generar, procesar, visualizar y compartir información en biociencias para obtener nuevo conocimiento abierto, estructurado y con significado, implementando herramientas informáticas de vanguardia como los datos ligados, la web semántica, las ontologías, la minería, los grandes datos, el análisis de redes y la cienciometría. Es un proyecto que integra distintas dimensiones y dominios disciplinares para investigar la obtención de nuevo conocimiento en biociencias, se centra en entender los datos, la literatura, la información, los procesos y las herramientas informáticas para analizarlos y visualizarlos, participan en el proyecto biólogos, matemáticos y ...

 Procesar, comprender, resumir e interpretar la información  que se obtiene en una clase, conferencia, seminario o conversación para convertirla en conocimiento, es una estrategia indispensable para la investigación científica, la mejor manera de lograrlo es por medio de la toma de notas en la que se organizan las ideas, los datos y las reflexiones como oraciones breves, que fácilmente se pueden convertir en párrafos estructurados que comuniquen el conocimiento producido. Tomar notas de las ideas tiene las siguientes ventajas: Formaliza el proceso cognoscitivo Facilita la comunicación Sirve como un archivo histórico Ayuda en la construcción de ideas de manera ordenada, sencilla y eficiente  Fomenta la habilidad de escribir Por supuesto que la mayoría de las notas las tomo en formato digital y las asocio a los textos que me inspiraron para las nuevas ideas, principalmente uso Hypothes.is para anotar documentos, Blogger para estructurar ideas, también GitHub para hacer nota...

 Hace unas décadas los científicos solo tenían que hacer su trabajo de investigar, se entrenaban en usar unos cuantos aparatos, hacer manuscritos a mano o en máquina con sus reportes, se enteraban de los nuevos conocimientos por medio de los textos, libros o artículos de revistas y se comunicaban por correspondencia. Así fue para todos aquellos que ahora tienen más de 50 años. Para los científicos que nacieron después de 1970, nos toco vivir una transformación rápida y profunda, en el transcurso de 20 años, ya no escribieron más en máquina, todo se hizo en computadoras, cambiaron los ficheros por bases de datos, las separatas de convirtieron en preprints, vimos pasar discos, cds y puertos usb que no se usan más. Todo esto ha obligado a los científicos a aprender nuevas tecnologías y a adoptar nuevas prácticas, todas por medio de una computadora, o incuso un teléfono inteligente, pero siempre a través de Internet. Este cambio para muchos no ha sido fácil, en especial para aquellos q...

 #Medsocial: ventajas y desventajas Es un muy importante poder acceder a información médica de calidad en las redes sociales, en particular  Twitter y Masrodon que son las más utilizadas por la academia en la actualidad, hay muchos especialistas que publican datos interesantes y actualizados, pero otros tienen solo como finalidad tener seguidores y se saltan las buenas prácticas que seguramente conocen porque las usan para escribir artículos como: citar, revisar la información con cuidado, no ser parciales y ser objetivos. El uso de las redes social para difundir y poner a consideración información especializada en ciencias médicas es un tendencia en crecimiento y vale la pena estudiarla. Existen una gran cantidad de cuentas de médicos especializados, con adscripción a laguna institución de enseñanza, salud o investigación que publican in formación en Twitter y que tienen gran número de seguidores, por lo que podrían ser llamados influences. En la red existen numerosos detec...

Hospitales en Wikidata Estoy revisando hospitales en el proyecto Wikimedia y encontré información realmente interesantes sobre esto. Resulta que hay un proyecto Wikidata para reunir todos los nosocomios por país en la plataforma, los detalles están disponibles en la siguiente url https://en.wikipedia.org/wiki/Category:Hospitals_by_country.   Esta información está en Wikidata y cada uno está registrado con información importante como el nombre y la geolocalización con coordenadas que se pueden visualizar interactivamente en un hermoso mapa con información de Wikidata y Open Street Map   resultado de una consulta https://w.wiki/6QCq . Hospitales de México Los wikipedistas voluntarios han creado una lista con todos los hospitales de México  que suman 2763. Además haciendo una consulta en Wikidata con SPARL es posible tener la lista de todos los hospitales de México en una tabla https://w.wiki/6QCh Sin duda este es un proyecto importante con impacto en la salud que tiene inn...

Tener definiciones claras, precisas y compartidas es una condición indispensable para construir conocimiento, el concepto de dato ha tenido una historia interesante y se han generado gran cantidad de definiciones. Se considera que  los buenos datos biológicos para que sean útiles deben cumplir con laos principios FAIR. Nos interesa estudiar las diferentes definiciones de datos en distintos ámbitos pero especialmente en las ciencias y las biociencias, una vez reunidas sería interesante difundirlas y estudiarlas, para determinar qué tienen en común y cuáles son las particularidades, vamos allá. Descubrir revisiones y obras de referencia sobre el tema Reunir las definiciones de datos utilizadas en la literatura en biociencias Anotar las definiciones de datos que aparezcan en los artículos de biociencias con la etiqueta DefiniciónDato(s) ( https://hypothes.is/users/lmichan?q=tag%3ADefinici%C3%B3nDato%28s%29 ) Generar un RSS que distribuya las definiciones ( https://hypothes.is/stream.r...

 Estamos por iniciar una colaboración con cardiologos y estamos reuniendo todas las cosas que pudieramos trabajar en la intersección de los datos, la información y la literatura en biociencias, y más allá, que pudieran ser de interés en cardiología, esta es nuestra lista. A qué problemas informáticos e informacionales se enfrentan los cardiólogos en su práctica clínica y de investigación cuál es la mejor manera de estructurar y dar significado a la información Cuáles bases de datos son de utilidad en cardiología Que herramientas informáticas son más útiles Cuáles son los temas de vanguardia Cuál es el estado de la investigación Cómo es la estructura, dinámica y las tendencias en la información especializada Qué tipo de información necesitan los pacientes Prevención Enfermos Diagnóstico Electrocardiograma Ecocardiograma Química sanguínea Síntomas Herramientas para cardiología https://cardiologyapps.com/ https://www.windsor.edu/top-9-cardiology-apps-every-aspiring-cardiologist-should...

 El otro día estaba editando la página de Wikipedia de la Facultad de Ciencias de la UNAM  y me dediqué a agregar a los Directores de la institución, por cierto fue todo un reto encontrarlos, pues existe solo información dispersa  en la Web y no aparece en ninguna página institucional de la UNAM, o de cualquier otro tipo, que los enliste, razón por la cuál mi contribución será más relevante.  Inmediatamente me surgió la idea de que este sería un excelente ejemplo para demostrar las distintas aplicaciones semánticas de wikidata y generar mapas de conocimiento con ellos, para lo cual nos pusimos a curar la información en wikidata sobre cada director respecto a las siguientes variables: Nombre Género Especialidad Año de nacimiento y si aplica muerte Inicio y final de su gestión como director/a años en el puesto Antecesor y predecesor ORCID Empezamos completando la información para la Doctora Ana María Cetto ( Q4750428 ) después fuimos completando la información para lo...

Google Scholar es sin duda la base de datos de literatura académica más utilizada, porque es abierta, tiene un tamaño inmenso, es amigable y viene asociada al navegador de Chrome,, esto es lo bueno, lo malo es que dada la capacidad técnica de google las posibilidades técnicas de esta plataforma dejan mucho que desear, lo que da como resultado una buena lista de lo feo que vamos a anotar a continuación: Resulta muy útil utilizar el botón de Chrome del complemento para reunir la bibliografía porque es muy fácil guardar y etiquetar la literatura sin generar duplicados y de manera fácil porque es posible saber si la referencia ya está en tu biblioteca, este es un inconveniente de Zotero, pues se generan muchos duplicados y se pierde tiempo en buscar si ya está el documento catalogado en una bibliotecas. El problema de estas colecciones en Scholar es que son imposibles de compartir. ¿Google por qué no nos dejar compartir nuestras colecciones?! Es horrible intentar transferir la bibliografía...

 En la biología del color son importantes dos dimensiones de estudio, el origen del color y la función del color. Uno de los orígenes del color en los seres vivos es la bioluminiscencia, esta cualidad de la luz junto con el color estructural y los pigmentos, constituyen las diferentes maneras en las que los organismos producen colores.  La función biológica del color implica el papel que tiene la coloración en las diferentes facetas anatómicas, funcionales, ecológicas y evolutivas. Por ejemplo, hablemos de la defensa, el color es un elemento que permite a los seres vivos montar respuestas para evitar el ataque por medio de estrategias como el camuflaje, el mimetismo y el aposematismo. El aposematismo implica avisar a los depredadores con señales como un color llamativo que existe alguna desventaja asociada que puede ser una toxina que produzca malestar o la muerte, de esta manera los depredadores evitarán a la presa. En este caso estamos investigando la bioinformación en refer...

 Dentro del proyecto de BIOcolores estamos trabajando con el color en los peces, como parte de nuestra investigación estamos realizando experimentos para estructurar, describir y mapear el color, patrones y adornos de los peces en Wikidata, para esto estamos utilizando distintas variables como: especie, parte del cuerpo, sexo, estadio, color, patrón y adornos. Elementos de Wikidata Para describir estas variables hemos utilizado los siguientes elementos de Wikidata Parte Aleta dorsal https://www.wikidata.org/wiki/Q1568355   Aleta Pectoral https://www.wikidata.org/wiki/Q363040   Aleta Pélvica https://www.wikidata.org/wiki/Q3335089   Aleta anal https://www.wikidata.org/wiki/Q3335087   Aleta caudal  https://www.wikidata.org/wiki/Q7887513   Sexo https://www.wikidata.org/wiki/Q44148 https://www.wikidata.org/wiki/Q43445 Adorno Ocelo    https://www.wikidata.org/wiki/Q760306   Propiedades de Wikidata Caracterizado por https://www.wikidata.org/wik...

 Una de las características biológicas más distintivas asociadas a la coloración en los organismos es el dimorfismo sexual, este va acompañado de una distinción de la coloración entre nachos y hembras y está relacionado con la atracción y la selección sexual, en algunos casos son las hembras las coloridas, en otros los machos.  Dada la importancia biológica de está característica es importante agregarla como una variable en la descripción de la coloración de los seres vivos que estamos haciendo en Wikidata. La forma de hacerlo sería la siguiente, para una especie ( Q863151 ) podemos agregar la existencia de dimorfismo sexual acompañado de la referencia usando la propiedad "caracterizado por" ( P1552 ) "Dimorfismo sexual" ( Q181497 ). El dimorfismo sexual puede apreciarse en distintos caracteres como los siguientes: -Tamaño -Color -Adornos -Sonidos Fuente de la imagen:  https://mstdn.social/@biodiversitypix@botsin.space/109938306837826896

Como parte de mi trabajo siempre debo estar actualizada, en especial sobre las últimas tendencias en educación para aplicarlas con mis alumnos, a mi me interesa micho el aprendizaje activo, autoregulado, mediado por tecnología y por indagación, hay varias actividades en las que participo para enterarme de lo más innovador e implementar estos cambios cambios en mis clases, estos son algunas opciones en línea que recomiendo ampliamente: El programa ReCrea de CUAIED Es una iniciativa  https://recrea.cuaieed.unam.mx/  que consta de reuniones mensuales por zoom, en las que durante dos horas se presentan temas de interés para los docentes, se realizan actividades y se comparten experiencias. Es un ambiente muy rico e interesante, desafortunadamente no hay un medio de comunicación que de mas cohesión a la comunidad y en el inter entre sesiones no hay intercambio de ideas o interacción que facilite la consolidación del conocimiento, la colaboración y la interacción entre los participa...