BIOgarabatos

Hypothes.is http://hypothes.is/  es un marcador y anotador de páginas web y pdfs, social, semántico que facilita el entendimiento de la información, la discusión y la generación de nuevas ideas. Es un proyecto de software de código abierto 501 (c) que tiene como objetivo recopilar comentarios sobre declaraciones hechas en cualquier contenido accesible en la web, filtrar y clasificarlos. Es un proyecto de Software de código abierto, el cual es “un sistema de anotación en páginas utilizando los comentarios hechos por individuos y un sistema de reputación para valorar los comentarios”. Este marcador web semántico se utiliza de distintas maneras muy útiles para enseñanza e investigación. NOTAS DE PAGINAS WEB 1) La colección publica de @infovestigacion en la que se registran continuamente todos los recursos digitales de habilidades digitales, competencias informacionales e investigación digital de interés público. 2) El grupo para cada curso en el que todos los participantes reúnen, mar...

Para registrar el color de las mariposas en Wikidata vamos a continuar con otra etapa del proyecto, que consiste en agregar todas las especies que tengan color azul y algunas variables asociadas. Variables Tono de azul Origen del color Parte: cuerpo, alas Orientación del ala: anterior, posterior, proximal distal Dirección: ventral y dorsal Estado de desarrollo: oruga, pupa, imago Patrón: línea, ocelo, banda, punto, raya, punteado y mancha Pigmento Datos Orugas azules , este conjunto de datos contiene información sobre   el color de las orugas  de 1,880 especies, de las cuales 23 tienen coloración azul, será necesario registrar esta información en Wikidata. Nombre científico QID Afrida_ydatodes https://www.wikidata.org/wiki/Q27997299 Amblyscirtes_linda https://www.wikidata.org/wiki/Q21241184 Automeris_cecrops https://www.wikidata.org/wiki/Q2486655 Hyalophora_cecropia https://www.wikidata.org/wiki/Q142322 Hyalophora_columbia https://www.wikidata.org/wiki/Q218952 Isochaetes_...

La coloración en cetáceos, un grupo diverso que incluye ballenas, delfines y marsopas, ha sido un tema de interés para biólogos marinos, ecólogos y evolucionistas. La variabilidad en la coloración de estos animales, que van desde el blanco brillante de la ballena beluga ( Delphinapterus leucas ) hasta el azul oscuro del cachalote (Physeter macrocephalus ), plantea preguntas sobre los mecanismos subyacentes, las funciones ecológicas y la evolución de estos patrones de color. La coloración en cetáceos puede atribuirse a diversos mecanismos, entre ellos: 1. **Pigmentación**: Algunos cetáceos, como el delfín común ( Delphinus delphis ), presentan pigmentos en su piel que les confieren una coloración característica. Estos pigmentos pueden ser responsables de tonos grises, negros o incluso rosados. 2. **Estructura de la piel**: La forma en que se refleja y refracta la luz en la superficie de la piel puede dar lugar a variaciones de color. Las estructuras microscópicas en la piel, como los me...

 Esta es una lista de herramientas de investigación digital que son la más exitosas en los cursos y pláticas que impartimos, pero que son poco conocidas pero muy útiles, por eso valdría la pena describir y explicar en alguna revista de biociencias, especialmente en español, para que la comunidad académica de nuestra región las conozca, se familiarice con ellas y las aproveche en todo su potencial. Herramientas RSS Wikidata Wikispecies Hypothes.is Bases de datos bibliográficas de vanguardia Fediverso: Mastodon Herramientas para análisis de PubMed Recursos digitales para interactuar con un artículo científico Herramientas digitales para navegar en revistas de vanguardia Bio-ontologías Bases de datos en biociencias Temas Ciencia abierta La importancia del multilinguismo en la ciencia Intención de las citas Tecnologías Web semántica Datos ligados Iniciativas FAIR DORA Citas, resúmenes y metadatos abiertos Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/54351353

Recuperación de información El proceso de recuperación de información académica es cíclico, inicia con la definición de la pregunta y termina con el conjunto de información recuperada, termina cuando la necesidad informacional ha sido satisfecha. En muchos casos es un proceso permanente pues los especialistas constantemente consultan información para obtener actualizaciones. La recuperación de literatura empieza con la primera búsqueda, y continúa con la selección de términos más exactos, el diseño de las consultas y con las búsqueda en las bases de datos. De tal forma que la literatura recuperada propicia resultados nuevos y necesidades extras de información que deberán cubrirse. Una vez que se comprende el proceso, se ejecuta y se identifican las fuentes idóneas, sólo hace falta un poco de práctica para recuperar exitosamente la información de las bases de datos. Por lo tanto, el protocolo de recuperación de literatura consta de los siguientes pasos: Definir los términos de búsqueda ...

 Esta es una lista de la bibliografía especializada que tiene acceso cerrado. Además, no tiene acceso desde bidi UNAM y no tiene preprint, posprint o cualquier otra versión abierta disponible. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jez.1402060202 * Hypothes.is https://hypothes.is/users/lmichan?q=SinAcceso Nota *Significa que si pude obtener una copia en ya saben donde , ¡ GraciasAlexandra !

 Una de las principales fuentes de Wikipedia son las fuentes científicas, es importante seguir buenas prácticas del uso de literatura científica cuando se citan fuentes académicas veamos algunas:  Escribir la cita usando el generador automático de citas. Usar la URL del DOI original, usar la URL de redes sociales como Research Gate y Academia no es deseable. Evitar usar, en la medida de lo posible, literatura de acceso cerrado, si existe alguna versión abierta o el preprint que se puede obtener usando servicios como CORE ( https://core.ac.uk/ ) para facilitar la consulta de la fuente primaria a los usuarios. Fuente de la imagen:  https://www.biodiversitylibrary.org/page/49654078

La coloración en los organismos generalmente se clasificaba en tres tipos: pigmentos, estructural y bioluminiscente, la interacción de una o la combinación de estos mecanismos bastaba para explicar la coloración y los patrones de color en los seres vivos. Pues se ha descubierto otro. En esta semana salió un nuevo artículo de Nishida y colaboradores (2023) que presenta una investigación que ha obtenido resultados innovadores para biología del color, porque descubren una nueva forma de coloración en las mariposas, veamos como describen los autores esta contribución. "Aquí, describimos y proporcionamos evidencia de un mecanismo previamente desconocido de la coloración de las alas de las mariposas, es decir, alas vivas que contienen líquido pigmentado entre las cutículas superiores e inferiores de la membrana del ala, que producen un patrón de ala verde prominente , una forma inesperada de coloración de las alas de las mariposas que está presente en dos especies de mariposas muy con...

 Aunque se ha avanzado demasiado en los últimos veinte años para digitalizar la literatura biológico, todavía falta un buen trecho para completar esta tarea. Esta es una lista de artículos que no localizo en formato electrónico y que representará una tarea entretenida, laboriosa e interesante localizar en formato impreso: Baer M (1898) Ueber Bau und Farben der Flügelschuppen bei Tagfalter. Zeitsch Wiss Zool 65:50–64 citado en  https://link.springer.com/article/10.1007/s00359-023-01656-4 Fuente de la imagen:  https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Malachite_(Siproeta_stelenes)_dorsal_(1).jpg

¿El color azul de Aspicela scutata es producto de pigmentación o es color estructural? Esta es una excelente pregunta redactada en la siguiente entrada de mastodon por Ben Smith  e  https://sauropods.win/@twizzt/110930381816617763 Evidentemente, este es un caso que deberá resolver una detective en BIOinformación interesada en BIcolores haciendo investigación digital. La indagación consistirá  en localizar información científica precisa y confiable para responder esta pregunta, el procedimiento será buscar, leer, buscar, hasta en encontrar la respuesta.Voy a documentar el procedimiento para que sea replicable y otros lo puedan repetir, ademas voy a registrar las herramientas que utilizaré. Blogger para registrar el procedimiento Google Scholar para descubrir literatura académica Hypothes.is para anotar Mastodon para responder En principio, esta investigación tiene una primera complicación. Al parecer, hay algún problema con el nombre, porque aparece con ese nombre en...

 No hay mucha investigación biológica sobre la coloración de las jirafas, lo que sabemos hasta ahora sobre el patrón de coloración de las jirafas. Este es un buen tema para reunir toda la información pues son animales divertidos, llamativos y carismáticos, por su cuello largo, sus lindas manchas y son pocas solo cuatro especies de jirafas!!! El patrón de manchas es única para cada organismo El tipo de manchas permite identificar la especie Las manchas se heredan de la madre Bibliografía Castles, M. P., Brand, R., Carter, A. J., Maron, M., Carter, K. D., & Goldizen, A. W. (2019). Relationships between male giraffes’ colour, age and sociability. Animal Behaviour, 157, 13-25.  https://doi.org/10.1016/j.anbehav.2019.08.003 Coimbra, R. T. F., Winter, S., Kumar, V., Koepfli, K.-P., Gooley, R. M., Dobrynin, P., Fennessy, J., & Janke, A. (2021). Whole-genome analysis of giraffe supports four distinct species. Current Biology, 31(13), 2929-2938.e5.  https://doi.org/10.1016...

 La biología in silico hace referencia a toda aquella investigación que se realiza a través de un equipo de cómputo, en un entorno virtual, comúnmente a través de la Web, se conoce también como e-biología o biología digital, es practicada por distintas comunidades que trabajan en equipos multidisciplinarios que se centran en los datos y tiene distintas facetas, objetos de estudio, intereses y métodos. Disciplinas biológicas in silico Existen una gran cantidad de aproximaciones biológicas que se centran en realizan investigación digital aprovechando el potencial de los recursos informáticos, cada una de ellas comparte métodos, especificaciones y software específico, que en muchos casos puede ser aprovechado por otras comunidades. Además, cada una desde su trinchera aprovecha lo último de la tecnología como la inteligencia artificial, la semántica, los grandes datos, el análisis de redes, por ejemplo. En su mayoría, fomentan la ciencia abierta, publica y libre. Bioinformática Biolo...

Estos son los recursos que ocupo más frecuentemente para hacer investigación digital en BIOinformación. https://start.me/p/q6x7Nn/infovestigacion https://hypothes.is/users/lmichan?q= Calendario BIOinformación https://meet.jit.si/ https://www.zotero.org/lmichan/library https://zbib.org/ https://biogarabatos.blogspot.com/ https://mstdn.social/@lma https://phanpy.mstdn.mx/#/mstdn.social/t/LABioinformacionEnLinea https://comelibros.club/user/lma https://github.com/lmichan https://freshrss.prodottoinrete.com/i/ https://scholar.google.com/ https://keep.google.com/ https://convertcase.net/ Fuente de la imagen:  https://commons.wikimedia.org/wiki/Kunstformen_der_Natur#/media/File:Haeckel_Orchidae.jpg

Los pigmentos biológicos son compuestos químicos que se encuentran en organismos vivos y que son responsables de la coloración de diversas estructuras, como piel, plumaje, exoequeleto, ojos, alas, flores, hojas y otros tejidos. Estos pigmentos juegan un papel importante en la biología de los organismos y pueden tener diversas funciones y propiedades, veamos algunos: 1. **Melanina:** La melanina es uno de los pigmentos más comunes en la naturaleza y se encuentra en muchas especies, incluidos los humanos. Es responsable de la coloración de la piel, el cabello, las plumas y otros tejidos. Existen dos tipos principales de melanina: la eumelanina, que produce colores oscuros como el negro y el marrón, y la feomelanina, que produce colores amarillos y rojos. La melanina también desempeña un papel en la protección contra la radiación ultravioleta y en la regulación de la temperatura. 3. **Carotenoides:** Los carotenoides son pigmentos que producen colores amarillos, naranjas y rojos en una va...

He reunido una lista de cosas sobre hacer una tesis que, a mi parecer, son importantes que todo tesista sepa antes de iniciar este nuevo e intenso y proceso, hacer una tesis es una decisión importante y debe ser tomada con suficiente información y responsabilidad, es un compromiso que solo puede tener un final: titularse de un grado académico. Tener un grado no asegura conseguir un buen trabajo. Los trámites administrativos son cansados, tardados y engorrosos. No solo se trata de aprender, sino de desarrollar habilidades de investigación, comunicación, colaboración, planeación, gestión del tiempo y manejo de información, entre otras. El producto en todos los casos en un buen manuscrito,  es procedimiento para generarlo es  es importante, siempre incluye descubrir literatura, leer, tomar notas, discutir y escribir. La salud física y mental es prioridad. La investigación consiste en prueba y error, exige paciencia, dedicación y constancia. La ciencia es un proceso emocionante, d...

 Todo mundo habla de Github, muchos científicos comparten sus materiales por ahí, miles de biólogos suben sus proyectos en esa plataforma, existe una inmensidad de contenidos y herramientas ahí asociadas a software, código y varias cosas, pero que es, para qué sirve, cómo se usa y como aprovecharlo para investigación digital en biociencias, es la cuestión de esta entrada. Quiero plantear tres preguntas: ¿Has oido sobreGitHub? ¿Has usado GitHub? ¿Sabes qué es GitHub? ¿Qué es GitHub? 1. Es una plataforma online abierta y colaborativa para manejar proyectos que permite guardar versiones 2. Permite alojar proyectos es un repositorios de código en su servidor en carpetas y archivos 3. Se basa en Git un protocolo de control de versiones, esto significa que guarda todas las versiones históricas de los archivos 4. Contiene repositorios y permite generar páginas, gestionar archivos, seguir usuarios y manejar información. 5. Es muy útil para los programadores, pero no es necesario ser e...

 Entre las notas que uno genera durante una investigación están las ideas de todo tipo, pueden ser sobre nuevos proyectos, el diseño de nuevas preguntas, las asistencia a eventos, títulos para un nuevo trabajo, colaboraciones, probar herramientas electrónicas, implementar un método, por mencionar algunas. Me resulta muy interesante la propuesta de compartir ideas, proyectos y procedimientos en la investigación digital. El formato virtual y la versión en línea promueve el trabajo en equipo y colaborativo, la mejor manera de hacerlo es usando herramientas como Github que facilitan compartir proyectos de cualquier tipo, pero en especial los que utilizan código, por eso es una aplicación muy utilizada por los informáticos y los científicos.  En esta plataforma los usuarios publican ideas, notas, proyectos, tareas y mejoras que surgen del trabajo cotidiano, aquí hay algunos ejemplos de los que son de BIOciencias y de interés para BIOinformación en el que tanto la manera de hacer la...

  Ediciones en Wikipedia para Biología del color Esta iniciativa consiste en reunir ideas interesantes para editar entradas de wikipedia para generar contenidos para biología del color con base en las siguientes opciones: Edición Taller/Ciencia colores Taller/Señales visuales Color en los seres vivos Iridocito Cromatóforo Reflectina David W. Lee Nomenclatura del color de Werner Muestrario de colores Comportamiento deimático Categorias de camuflaje Categorias estrategias antidepredadoras Ojos de color raro en gatos Traducciones Marion_Newbigin Nuevas páginas Fusionar Pigmentos biológicos  y  Pigmentos en seres vivos Fuente de la imagen:  https://archive.org/details/lepidopteraofcey01moor

 PubMed es la plataforma por medio de la cual se consulta PubMedes la base de datos de salud y biomedicina mas importante, por que es abierta y está curada utilizando MeSH. Es una herramienta poderosa porque es un nodo importante de la iniciativa LOD de ciencias de la vida, por lo que está asociada a un gran número de bases de datos, servicios y ontologías que relacionan o procesan información, está es una lista de las que voy encontrando y registrando mientras hago investigación digital en biociencias.  Las herramientas pueden ser aplicaciones Web, bots, complementos del navegador o software que amplíen o  . mejoren las funciones de esta base de datos. Las ligas a esta base de datos, son a través del identificador PMID. Respecto al procesamiento, puede ser minería, semántica, cienciometría y análisis de redes, por ejemplo. Ligas a PMID https://pubmedhh.nlm.nih.gov/ http://evs.expertly.info/home https://interactoa.toolforge.org/ Procesamiento de registros Biotools  h...

Para describir el color y el patrón de coloración de los seres vivos, hemos empezado con algunos grupos de vertebrados,  uno de ellos son los felinos que presentan coloración interesante desde las siguientes perspectivas. Color del pelaje Patrones de coloración del pelaje Color de los ojos Relación del color de los ojos con el pelaje Genética del color Función y evolución del color Además este taxón representa  un excelente modelo para curar bioinformación por las siguientes características para coloración: -Tiene solo dos variables: color de pelaje y ojos -Es fácil de correlacionar ambas variables -Es un tema con el que muchos se sienten identificados, tienen gatos, les gustan los gatos, saben de gatos o han visto gatos. -Hay muchas imágenes -Las consultas serán fáciles Estas son algunas ideas que se me ocurren para hacer  experimentos de bioinformación con la biología del color de los gatos. Recopilar información de Wikidata y correr SPARQLs usando datos sobre el color ...

Las redes actuales dejan mucho que desear, publicidad, problemas con la moderación, robos de datos y problemas éticos nos han orillado a replantearnos los canales de comunicación que queremos y debemos usar los universitarios. El fediverso, mastodon y los RSS representan herramientas abiertas, públicas e innovadoras que representan una buena oportunidad de desarrollo para la UNAM, debemos implementarlas lo antes posible y difundir su uso en la comunidad universitaria, generar un servidor para la UNAM resultaría fácil, sencillo y factible, pero su impacto sería grande en la investigación, la enseñanza y la difusión, es momento de ir a la vanguardia, y no quedarnos atrás en estos temas, veamos algunas propuestas con las que vale la pena empezar: Adoptar y promover los principios y la tecnología del fediverso en la UNAM, a nivel institucional Ser un referente del uso del Fediverso para nuestra región y en español, una región y un idioma, tradicionalmente subrepresentados en el uso y la im...