Seminario de Biología Matemática: Bioinformación 20262

Para el semestre 2026-2 impartiré tres clases en formato virtual, dos de ellas serán para nivel licenciatura, para la carrera de Matemáticas Aplicadas he preparado un curso centrado en Bioinformacion dirigido a los estudiantes interesados en aprender los principios básicos del manejo de la información especializada en biociencias, en especial trataré los aspectos esenciales de la gestión de la literatura digital y los datos asociados que todo investigador debe conocer para poder usarla y procesarla utilizando la tecnología informática.

Como siempre me interesa dictar un curso abierto, activo, dinámico, interactivo y actualizado para que los alumnos vivan en tiempo real el proceso de realizar una investigación basada en bioliteratura, con la finalidad de diseñar preguntas y resolver problemas de interés en la intersección del área de las matemáticas aplicadas y las biociencias.

Conversaremos sobre datos, información y conocimiento, herramientas informáticas y cultura científica, nos enfocaremos en las biociencias a través de los contenidos de la clase y la realización de un proyecto de investigación que culminará con un reporte.

Este curso puede hacerse en dos versiones, la de principiantes para todos aquellos neófitos en el tema que se dedicarán a entender y manejar con fluidez los principios, teórico, conceptuales y metodológicos de la bioliteratura, y la opción avanzada, para aquellos alumnos que ya han tomado alguna de las versiones anteriores de este curso, y que se dedicarán por completo a completar el proyecto de investigación que ya han iniciado, para terminarlo y tener un borrador de un artículo científico con base en todos los contenidos y las actividades planeadas.

UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Denominación de la actividad académica: Bioinformación
Clave:		Semestre:			Campo de conocimiento:					Número de créditos:
Carácter Optativo	Horas						Horas por semana		Horas por semestre
	Teóricas 5						Prácticas 0		80
Modalidad Virtual						Duración Semestral
Seriación: Ninguna
Asignatura antecedente: Ninguna
Asignatura subsecuente: Ninguna
Objetivo general: Comprender y aplicar los fundamentos teóricos, metodológicos y prácticos de la investigación digital para buscar, recuperar, procesar, analizar y reusar literatura académica en biociencias.
Objetivos específicos: Explorar los conceptos y teorías fundamentales relacionados con el uso de información, literatura y datos especializados en ciencia, con énfasis en las biociencias. Desarrollar las competencias básicas para el uso de las herramientas digitales disponibles en la Web fundamentales para la investigación en especial en biociencias. Diseñar productos, recursos tecnológicos digitales y actividades por medio de investigación digital  activa, crítica, participativa, colaborativa y abierta centrada en biociencias.
Temario Unidad 1. Introducción a la investigación digital en biociencias Unidad 2. Bioinformación Unidad 3. Herramientas y recursos tecnológicos para investigación en biociencias Unidad 4. Diseño de una revisión de literatura en biociencias usando tecnología informática Unidad 5. Reporte de una investigación digital en biociencias Unidad 6. Tendencias, desafíos y futuro de la investigación basada en bioinformación
								Horas
								Teóricas			Prácticas
1. La cultura de investigación 1.1 Definiciones y conceptos fundamentales 1.2 El ciclo de la investigación 1.3 Los tipos de productos 1.4 La investigación en el siglo XXI 1.5 La publicación académica 1.6 Ciencia Abierta 1.7 Buenas prácticas								10			5
2. Bioinformación 2.1 Teorías, métodos y conceptos fundamentales 2.2 Las fuentes 2.3 Bioliteratura 2. 4 Biorevisiones 2.5 Biodatos								8			7
3. La tecnología informática para investigación en biociencias 3.1 Clasificación de las tecnologías informáticas para investigación 3. 2 Dimensiones, enfoques, funciones y tipos de tecnologías 3.3 Créditos y licencias 3.4 Fuentes de calidad 3.5 Bases de datos 3.6 Repositorios 3.7 Metadatos								8			7
4. Diseño de la revisión de información 4.1 Planeación 4.2 Las preguntas 4.3 El procedimiento 4.4. El análisis 4.4 El conjunto de datos 4.6 El procesamiento 4.7 La visualización								8			7
5. El reporte de investigación 5.1 El documento 5.2 Las herramientas 5.3 Las secciones 5.4 Referencias y citas								7			13
6. Tendencias, desafíos y futuro  6.1 Tendencias actuales 6.2 Retos y perspectivas 6.3 Ventajas y desventajas								8			2
Subtotals								48			32
Total								80
Bibliografía básica Bauer, D. (2009). Ten Simple Rules for Searching and Organizing the Scientific Literature. Nature Precedings. https://doi.org/10.1038/npre.2009.3867.1  Hull, D., Pettifer, S. R., & Kell, D. B. (2008). Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLOS Computational Biology, 4(10), e1000204. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204 Nehm, R. H. (2019). Biology education research: Building integrative frameworks for teaching and learning about living systems. Disciplinary and Interdisciplinary Science Education Research, 1(1), 15. https://doi.org/10.1186/s43031-019-0017-6 Penders, B. (2018). Ten simple rules for responsible referencing. PLOS Computational Biology, 14(4), e1006036. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006036 Méndez M (2018) Ten simple rules for developing good reading habits during graduate school and beyond. PLoS Comput Biol 14(10): e1006467. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006467  Pautasso, M. (2013). Ten simple rules for writing a literature review. PLOS Computational Biology, 9(7), e1003149. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003149 Bibliografía complementaria Bourne PE, Fink JL, Gerstein M (2008) Open Access: Taking Full Advantage of the Content. PLoS Comput Biol 4(3): e1000037. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000037  Ding, Y., Song, M., Han, J., Yu, Q., Yan, E., Lin, L., & Chambers, T. (2013). Entitymetrics: Measuring the impact of entities. PLoS ONE, 8(8), e71416. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0071416  Donthu, N., Kumar, S., Mukherjee, D., Pandey, N., & Lim, W. M. (2021). How to conduct a bibliometric analysis: An overview and guidelines. Journal of Business Research, 133, 285-296. https://doi.org/10.1016/j.jbusres.2021.04.070  Gartner, R. (2016). Metadata. Springer International Publishing. https://doi.org/10.1007/978-3-319-40893-4  Krajewski, M. (2017). Tell data from meta: Tracing the origins of big data, bibliometrics, and the opac. Osiris, 32(1), 224-240. https://doi.org/10.1086/694228  Mingers, J., & Leydesdorff, L. (2015). A review of theory and practice in scientometrics. European Journal of Operational Research, 246(1), 1-19. https://doi.org/10.1016/j.ejor.2015.04.002  Mons, B., Van Haagen, H., Chichester, C., Hoen, P.-B. ’T, Den Dunnen, J. T., Van Ommen, G., Van Mulligen, E., Singh, B., Hooft, R., Roos, M., Hammond, J., Kiesel, B., Giardine, B., Velterop, J., Groth, P., & Schultes, E. (2011). The value of data. Nature Genetics, 43(4), 281-283. https://doi.org/10.1038/ng0411-281  Price, D. J. D. S. (1963). Little science, big science. Columbia University Press. https://doi.org/10.7312/pric91844  Rougier, N. P., Droettboom, M., & Bourne, P. E. (2014). Ten simple rules for better figures. PLoS Computational Biology, 10(9), e1003833. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003833 Thessen, A., & Patterson, D. (2011). Data issues in the life sciences.  ZooKeys, 150, 15-51. https://doi.org/10.3897/zookeys.150.1766 Mesografía Michán, L. (2025, agosto 13). Tablero de Herramientas informáticas para investigación digital. Biogarabatos. https://doi.org/10.59350/k08yv-51v25
Sugerencias didácticas:				Mecanismos de evaluación del aprendizaje de los alumnos:
X Exposición oral _X Exposición audiovisual  X Ejercicios dentro de clase  X Ejercicios fuera del aula _ _ Seminarios _X _ Lecturas obligatorias  _X _ Trabajos de investigación   Prácticas de taller o laboratorio   Prácticas de campo   Otros (indicar cuáles)				Exámenes parciales   Examen final escrito      Tareas y trabajos fuera del aula    X _ Exposición de seminarios por los alumnos      Participación en clase   Asistencia   Seminario      Otros (Ensayos)
Perfil profesiográfico Dominio de la literatura académica, uso de la tecnología informática y capaces de integrarse en un contexto activo y colaborativo, que preferiblemente desarrollen investigación en el área.

Todos los detalles los pueden consultar en los recursos del curso que listo a continuación.

Enlaces importantes

⚛️La publicación del curso: https://www.fciencias.unam.mx/docencia/horarios/presentacion/366374 

👩🏻‍💻La página Web: https://codeberg.org/lmichan/sbmBIOinformacion 

📹La lista de los videos en Youtube

🐘La etiqueta de Mastodon #BioinformacionMatematicasAplicadas

👩🏻‍🔬Recursos de investigación: https://start.me/p/q6x7Nn/infovestigacion

🕹️Tablero de cultura científica: https://start.me/p/ydG76P/culturacientifica

📚Bibliografía (Zotero): https://www.zotero.org/groups/5990083/bioinformacionmatematicasaplicadas